Потеряв власть над Москвой, Константинополь решил укрепить свои позиции в Киеве, для чего в 1458 году патриархом Григорием Маммой был поставлен отдельный митрополит для Киева — Григорий Болгарин. В 1467 году патриарх Дионисий I предпринял попытку сделать Григория также митрополитом Московским, однако в Москве посягательства Константинополя были отвергнуты. Фактически с середины XV века общерусская митрополия была разделена на две — Московскую и Киевскую. Разделение сохранялось вплоть до 1685 года, когда Киевская митрополия вошла в состав Московского Патриархата.
Период между серединой XV и концом XVI века был временем укрепления политического могущества Руси и ее сплочения вокруг Москвы. Одно за другим присоединяются к Москве древние княжества — Ярославское (1463), Ростовское (1474), Новгородское (1478), Тверское (1485), Псковское (1510), Рязанское (1521). В 1480 году в результате бескровной победы русских войск над войсками хана Ахмата было окончательно свергнуто татаро-монгольское иго.
Параллельно с собиранием исконно русских земель вокруг Москвы к Русскому государству присоединяются новые земли. В 1472 году великий князь Иван III Васильевич (1440–1505) вступает в брак с греческой царевной Софией Палеолог, что в глазах русских людей придает ему дополнительную легитимность в качестве православного самодержца, наследника византийских императоров. В начале XVI века разрабатывается теория Москвы — «третьего Рима», сформулированная, в частности, старцем псковского Спасо-Елеазарова монастыря иноком Филофеем: «Первый Рим пал от нечестия, второй (Константинополь) от засилия агарянского, третий Рим — Москва, а четвертому не бывать». Параллельно с укреплением власти великого князя Московского возрастает и значение Московского митрополита.
Начало XVI века ознаменовано спорами между «стяжателями» и «нестяжателями»
— сторонниками и противниками монастырского землевладения. К этому времени на Руси существовало множество монастырей, которые подразделялись на общежительные и особножительные. В общежительных монастырях акцент делался на послушание, телесный подвиг, соборную молитву, благотворительность; в особножительных — на «умное делание» и удаление от мира. Уставы тех и других монастырей предписывали нестяжание, однако и общежительные, и особножительные монастыри могли иметь во владении земли, села, крестьян и получать доходы, которые распределялись между братией. Собственниками земли были также епархии и приходы. Монастырское и церковное землевладение нередко вызывало недовольство государственной власти, в результате чего периодически имели место попытки конфискации церковных земель. Одна такая попытка произошла при великом князе Иване III, который выступил с инициативой отторжения земель у митрополита, епископов и монастырей с одновременным переводом епископата и монастырей на казенное обеспечение. Эта инициатива князя вызвала в Церкви бурную и в целом негативную реакцию. В 1503 году в Москве был созван церковный Собор, который поддержал идею церковного землевладения в противовес инициативе великого князя.Главным идеологом церковного землевладения в начале XVI века был преподобный Иосиф Волоцкий
(1439/40–1515), который считал, что владение землей и недвижимостью обеспечивает Церкви независимость от светской власти и открывает возможность благотворительной деятельности. Основанный им под Волоколамском монастырь являл пример широкой благотворительности: в год неурожая монастырь ежедневно кормил до 700 человек, в том числе 50 детей-сирот. Иосиф Волоцкий был одним из выдающихся просветителей иВ борьбе с жидовствующими преподобный Иосиф объединил свои усилия со святителем Геннадием Новгородским, другим выдающимся просветителем, впервые собравшим все книги Священного Писания в единый свод и в 1499 году издавшим в рукописном виде так называемую