Одним из оплотов старообрядчества на некоторое время стал Соловецкий монастырь. Еще в 1658 году его настоятель архимандрит Илия устроил в монастыре Собор, который отверг новопечатные книги. После того как в 1667 году монахи отвергли также и деяния Собора 1666 года, Алексей Михайлович послал на Соловки войска для усмирения бунта. Осада монастыря длилась восемь лет и вошла в историю старообрядчества как «Соловецкое стояние» — подвиг стояния за веру и старые обряды. В ходе осады большинство иноков погибло от голода и болезней, оставшиеся были истреблены. В 1676 году, вскоре после победы над раскольниками, царь Алексей Михайлович скончался, и старообрядцы увидели в этом кару Божию. С этого времени старообрядцы встали в оппозицию государственной власти, которая подвергала их жестоким гонениям. Протопоп Аввакум, ставший символом сопротивления «никонианству», вместе с другими лидерами старообрядчества был в 1681 году заживо сожжен в дровяном срубе. Старообрядцы ответили на эту казнь массовыми самосожжениями.
В XVIII–XIX веках старообрядчество, несмотря на репрессии со стороны государства, распространилось по всей России и вышло за ее пределы. Старообрядчество распалось на множество толков, или «согласий», из которых основными в настоящее время являются поповцы и беспоповцы — первые имеют церковную иерархию и священство, вторые не имеют. В 1971 году Поместный Собор Русской Православной Церкви отменил наложенные Соборами 1656 и 1667 годов клятвы на старые обряды, подчеркнув, что «спасительному значению обрядов не противоречит многообразие их внешнего выражения, которое всегда было присуще древней неразделенной Христовой Церкви и которое не являлось в ней камнем преткновения и источником разделения». Печальное разделение, однако, сохраняется до сего дня.
Синодальная эпоха в истории Русской Церкви
После кончины в 1700 году патриарха Адриана царь Петр I воспрепятствовал избранию нового патриарха, и с 16 декабря 1700 по 1721 год Русская Церковь управлялась местоблюстителем патриаршего престола митрополитом Стефаном Яворским (1658–1722). В 1721 году — за несколько месяцев до того, как Россия была провозглашена империей, а Петр получил титул императора, — был издан манифест об учреждении «Духовной коллегии» во главе с президентом (после смерти митрополита Стефана должность президента была упразднена). На первом же заседании новосозданной коллегии было решено переименовать ее в Святейший Правительствующий Синод
. В 1722 году была учреждена должность обер-прокурора Синода, на которую императором назначался «из офицеров добрый человек». В задачу обер-прокурора входил контроль и надзор за деятельностью Синода: обер-прокурор стал в Синоде «оком государевым». В 1723 году упразднение московского патриаршества было признано Константинопольским и Антиохийским патриархами, назвавшими российский Святейший Синод своей «сестрой во Христе» (в греческом языке слово «синод» женского рода).