Решение о замене единоличной власти патриарха коллегиальной властью Синода созревало у Петра I на протяжении многих лет, и главной причиной этого решения было нежелание императора видеть в патриархе возможный параллельный центр власти (как это было при патриархах Филарете и Никоне). Император решил сам возглавить Церковь и максимально приблизить систему церковного управления к той, что существовала в протестантских странах. Идеологическая основа реформы была разработана фаворитом Петра архиепископом Псковским Феофаном Прокоповичем (1681–1736), автором «Духовного регламента», в котором прямо говорилось об опасности патриаршей власти для государства. После смерти Стефана Яворского Феофан Прокопович фактически возглавил Синод (с 1726 года в звании первого вице-президента). Феофан был одной из самых мрачных фигур в истории русского Православия. Мстительный и жестокий, он безжалостно расправлялся со своими идейными противниками, которых у него было немало. В период его единовластия в Синоде несколько архиереев, которых Прокопович считал своими врагами или которые выступали против петровской реформы, были лишены сана и сосланы в заточение в монастыри. Расправы над непокорными архиереями продолжились и после смерти Прокоповича, что к концу правления Анны Иоанновны практически положило конец сопротивлению высшего духовенства петровской реформе. В ходе реформы Петра I, направленной на превращение Церкви в социально полезный государственный институт, сокрушительный удар был нанесен по монашеству. В 1722 году было издано прибавление к «Духовному регламенту», касающееся монастырей и монашества, а в 1724 году Петр I подписал специальный указ о монахах и монастырях. Монашество здесь рассматривается как узаконенное тунеядство, с которым следует всеми возможными средствами бороться. При Петре I было запрещено основание новых монастырей без специальной санкции Синода, небольшие монастыри были объединены с более крупными, а некоторые вообще упразднены; имущество ряда монастырей было конфисковано. Репрессии против монастырей, начатые при Петре, продолжились при Екатерине I и Анне Иоанновне. В 1730 году монастырям было запрещено приобретать земли, а в 1734 году был введен запрет на монашеские постриги кого бы то ни было, за исключением вдовых священнослужителей и отставных солдат. Монастыри подвергались «разборам», осуществлявшимся Тайной канцелярией: монахов, постриженных в обход закона, лишали монашеского звания, подвергали телесным наказаниям и ссылали. Число монашествующих в период с 1724 по 1738 год сократилось на 40 процентов. Послабления в отношении монастырей и монашества наступили в царствование Елизаветы I, при которой были восстановлены многие обители. В 1761 году было дозволено постригать представителей всех сословий. Однако при Петре III началась секуляризация монастырских земель вместе с проживавшими на них крепостными крестьянами. Секуляризация продолжилась при Екатерине II. В 1764 году вышел указ о секуляризации всех церковных владений, включая имения Синода, архиерейских кафедр и монастырей. Более половины монастырей было упразднено: в частности, из 881 великорусского монастыря было упразднено 469. Численность монашествующих в великорусских губерниях сократилась вдвое — с 11 тысяч до 5450 человек. В XIX веке положение монашества опять стало изменяться к лучшему. Наряду с закрытием старых монастырей (в общей сложности в период между 1701 годом и серединой XIX века было закрыто 822 монастыря) начали возникать новые обители. В течение XIX столетия многие ранее закрытые монастыри были возобновлены. В период с 1810 года число монастырей выросло с 452 до 1025.
Начатые Петром I и продолженные его преемниками реформы, нанесшие сокрушительный удар по высшей церковной власти и монашеству, способствовали в то же время развитию духовного образования. Это напрямую вытекало из взглядов Петра на необходимость просвещения народа и на Церковь как на один из институтов, который должен этому способствовать. Духовные школы начали открываться в Московской Руси еще до Петра: в частности, в 1685 году братья Иоанникий и Софроний Лихуды открыли в Москве Славяно-греко-латинскую академию, впоследствии преобразованную в Московскую духовную академию.