В 1722 г. в процессе реформы Сената был введен пост генерал-прокурора Сената и прокурорский надзор в государственных учреждениях с целью предупреждения преступлений. Первым генерал-прокурором Сената – «оком государевым» – стал сын музыканта, пасший в детстве свиней, буйный, сварливый и властный Павел Ягужинский.
Генерал-прокурор Сената руководил его работой, назначал прокуроров в государственные учреждения. В 1722 г. при Сенате были учреждены еще две должности: герольдмейстера, который вел учет служилых людей и регистрировал их продвижение по службе, и генерал-рекетмейстера, принимавшего жалобы на чиновников. При Сенате действовали генерал-фискал и обер-фискал, которым были подчинены провинциальные и городские фискалы.
В 1718–1720 гг. вместо приказов и канцелярий были введены коллегии. Эта форма привлекла Петра тем, что в коллегиях все вопросы решались через совет и сообща. Подготовка к реформе началась в 1712 г. С этого времени активно изучался иностранный опыт государственного управления. За основу были взяты шведские коллегии. Однако следует отметить, что иностранный опыт переносился на российскую почву с учетом особенностей страны.
Указ о реформе был подписан в 1717 г. К 1718 г. были сформированы штаты коллегий. Они были таковы: президент коллегии, вице-президент, 4 советника, 4 коллежских асессора (заседателя), секретарь, актуариус (регистрировал поступающие документы и разносил их исполнителям), нотариус (вел протоколы заседаний), регистратор (оформлял исходящие документы), переводчики, подьячие (мелкие служащие).
Были созданы три важнейших: Коллегия иностранных дел, Военная, Адмиралтейств-коллегия. Затем последовали три финансовые коллегии: Штате-контор-коллегия (ведала расходами); Камер-коллегия (ведала доходами) и Ревизион-коллегия (осуществляла надзор над двумя первыми). Промышленностью руководила Мануфактур-коллегия, горным делом – Берг-коллегия. Торговлей ведала Коммерц-коллегия, судом – Юстиц-коллегия, а поместными делами – Вотчинная коллегия. Власть коллегии распространялась на всю страну.
Деятельность каждой коллегии и любого государственного учреждения определялась регламентом. Регламенты всех учреждений и коллегий составлялись на основе Генерального регламента (1720 г.). В основу работы государственных учреждений России было положено учение о бюрократическом управлении, которое получило название камерализма. Основные его принципы сводились к следующему: четкое разделение отраслей управления на началах коллегиальности; жесткая регламентация обязанностей чиновников, специализация канцелярского труда; однообразие штатов и жалования.
Кроме коллегий было создано известное число контор, канцелярий, департаментов, которые ведали четко определенными вопросами. Для системы созданных государственных учреждений было характерно четкое разграничение сфер управления, централизация и специализация деятельности.
В 1720 г. на правах коллегии был создан Главный магистрат. На местах создавались магистраты, в ведении которых были судебные функции, сбор налогов и городское благоустройство. Но создание магистратов как органов городского самоуправления не сделало город самоуправляющейся единицей. Реальной власти выборные органы самоуправления не получили, превратившись в часть государственного аппарата власти.
Для решения дел политического сыска в добавление к Преображенскому приказу в Петербурге была учреждена Тайная канцелярия.
В процессе реформ была создана система судебных органов. Вершиной ее являлись Сенат и Юстиц-коллегия. В провинциях действовали хофгерихты, или надворные апелляционные суды, в крупных городах. В них также действовали провинциальные коллегиальные нижние суды. В ведении провинциальных судов были гражданские и уголовные дела, кроме дел монастырских крестьян и горожан, не входящих в посад. В остальных случаях действовал городовой (земский) судья. Это был единоличный нижний суд. В 1722 г. нижние суды были уничтожены. Там, где не было надворных судов, под руководством воевод были созданы провинциальные суды. Воеводы получили право контроля над судом в провинции. Суд стал зависимым от администрации.
В 1699 г. умер престарелый патриарх Адриан. Нового патриарха выбирать не стали. Духовенство в целом враждебно относилось к преобразованиям Петра. Царь назначил Стефана Яворского местоблюстителем патриаршего престола. В 1721 г. была проведена церковная реформа, в ходе которой были затронуты и решены вопросы материальных ресурсов церкви и ее места в государстве, то есть те вопросы, которые корнями своими уходили в XVI в.
Материальные ресурсы церкви стали использоваться после Азовских походов. В 1701 г. был восстановлен Монастырский приказ для управления вотчинами, во главе с Мусиным-Пушкиным. Было создано в том же году две разновидности монастырских вотчин: «определенные», доход с которых шел монастырям, и «заопределенные», управлявшиеся людьми Монастырского приказа, и доходы от них шли в казну. В 1721 г. «заопределенные» вотчины возвращались в управление церкви.