В складывавшемся государственном аппарате основную роль играли дьяки, которые вели делопроизводство. Часто они имели большое влияние на принятие и реализацию государственных решений.
Единой и четкой системы административно-территориального деления в то время еще не было. Государство делилось на уезды, границы которых определялись границами бывших княжеств, уезды делились на станы, а станы – на волости. Уездом управлял великокняжеский наместник, а станами и волостями – волостели. Феодалы и их люди по гражданским делам и ряду уголовных преступлений были им неподсудны. Наместники назначались из бояр. Они жили за счет судебных пошлин («присуд») и «кормленичего» дохода, собираемых в свою пользу. По сути дела это было предоставление права взимать ренту-налог за прежнюю военную службу, а не за административно-служебную деятельность. Бояре-кормленщики, юридически подчиненные великому князю, фактически становились владетелями порученных им территорий, что вело к возникновению своего рода феодальных автономий, ослаблению центральной власти.
К своим обязанностям «кормленщики» относились халатно. Отсутствие разветвленного и четко организованного государственного аппарата управления затрудняло контроль центральной власти за их деятельностью.
Для установления единого порядка судопроизводства в едином государстве в 1497 г. был принят великокняжеский Судебник. Судебник Ивана III дошел до нас в одном списке, он был сводом судебных норм и правил, которые отвечали изменениям в жизни русских земель, происшедшим после появления «Русской Правды». Он предназначался для унификации судебно-административной деятельности на территории всего созданного государства. В нем были отражены вопросы судопроизводства по нарушению установленных властью норм. К особо опасным преступлениям относились грабеж, подлог, ночная кража, кража из укрепленного места. Оговорены были также наказания за заговор, мятеж, которые рассматривались как преступления против государства и государя. Судебник устанавливал наказания за взяточничество, казнокрадство, пристрастное рассмотрение дел. Кроме системы штрафов за преступления, он вводил смертную казнь за особо тяжкие преступления и торговую казнь – битье плетью на торговой площади. В Судебнике содержались инструкции по организации судебного процесса. Судебная система состояла из суда великокняжеского наместника, приказного суда, суда Боярской думы и суда великого князя. Кроме этого, существовали церковные и вотчинные суды.
Статья 57 Судебника утверждала существовавшую повсеместно практику ограничения крестьянских переходов от одного феодала к другому. Отныне переход разрешался только за неделю до осеннего Юрьева дня (26 ноября) и неделю после. При этом крестьянин должен был заплатить за проживание на земле феодала «пожилое». Сумма его доходила до 1 рубля. В конце XV в. это были большие деньги. За один рубль можно было купить рабочего коня, или 100 пудов ржи, или 7 пудов меда.
Долгое время в отечественной историографии ограничение переходов крестьян рассматривали как начало их закрепощения. Ряд современных исследователей не разделяет это мнение. Акад. Л. В. Милов считает, что крестьянские переходы были порождены необходимостью расшатывать крестьянскую общину как орган организации сопротивления крестьян и укреплять собственность феодалов на землю. О закрепощении (личной зависимости) каждого члена общины (крестьянина) можно говорить лишь начиная с конца XVI в., после того как государство укрепило свою мощь и консолидировало господствующий класс. В конце же XV – первой половине XVI в. ограничение крестьянских переходов, ставших элементом крестьянской свободы, было направлено только на укрепление собственности феодалов на землю. К установлению личной зависимости крестьян они отношения не имели.
Складывание единого Российского государства, усиление великокняжеской власти, которая стремилась лишить самостоятельной силы не только светских феодалов, но и церковь, подчинив их полностью интересам государства, поставили вопрос о положении церкви в государстве. В конце XV в. вопрос о церкви и ее богатствах стал предметом общественного обсуждения. В это время в Российском государстве делались первые попытки выйти за рамки традиционных представлений о человеке, природе и обществе.
В Новгороде, Пскове, Твери, Москве появились еретики, выступления которых были исключительно опасны для церкви, потому что они были смелыми вольнодумцами, резко высказывались против ряда основных догматов христианства. Они отрицали краеугольный догмат о загробной жизни, сомневались в достоверности Священного Писания, которое критиковали с рационалистических позиций. Еретики выступали против церкви как учреждения и церковнослужителей, без которых, как они полагали, человек может и должен общаться с Богом. Еретики были противниками церковного землевладения.