Но когда внук Димитрий и его мать подверглись опале, а наследником объявлен Василий и вновь возымела силу и влияние Софья Фоминична, благоприятные для новгородской ереси обстоятельства кончились. Эта перемена, по-видимому, совпала со смертью главной опоры еретиков, дьяка Федора Курицына. Теперь Иван III сделался более доступен внушениям ревнителей православия. К тому же наступившая старость с ее немощами и болезнями и мысли о смерти направляли его ум к покаянию и к заботам о спасении своей души. Иосиф Волоцкий добился личных бесед с великим князем, чтобы подвигнуть его к принятию решительных и строгих мер против ереси. Иван III во время этих бесед умилялся; сознавался, что знал, какую ересь держал протопоп Алексей и какую Курицын с Еленой; просил прощения у Иосифа, говоря: «А митрополит и владыки меня в том простили». Но тут же вдруг впадал в сомнение: «Не грех ли казнить еретиков?» Иосиф примерами из Ветхого Завета и византийской истории доказывал, что следует казнить. Иван Васильевич как будто убеждался и обещал принять строгие меры. Но время проходило, а обещанные меры откладывались.
Между тем борьба с ересью заставила само высшее духовенство обратить внимание на некоторые беспорядки в Русской церкви. Для обсуждения их созывалось несколько духовных соборов.
Из последних особую известность и важность получил Московский собор 1503 года. На нем, под председательством митрополита Симона, заседали архиепископ Геннадий, шесть епископов, многие игумны и старцы, в числе которых находился Иосиф Волоцкий. На заседаниях присутствовали Иван III и сын его Василий. Здесь было рассмотрено несколько вопросов, и прежде поднимавшихся в Русской церкви. Во-первых, обсуждался старый вопрос о мзде или пошлинах, взимавшихся за поставление в духовный сан; эта мзда, как известно, послужила поводом к ереси стригольников. Настоящий собор строго подтвердил, чтобы впредь никаких пошлин и поминков или даров не брать ни епископом за самое ставление, ни их печатникам и дьякам за ставленные грамоты. При сем возобновили и другое постановление Владимирского собора 1274 года, согласное с правилами вселенских соборов, чтобы поставляемый во священника имел не менее 30 лет, а во дьякона не менее 25 лет. Затем выступил также старый вопрос о вдовых священниках. Русское общество тех времен во многих местах еще не усвоило себе строгого взгляда на брачный союз, что отражалось и на самих священниках: многие из них, овдовев, брали себе наложниц и продолжали священнодействовать. Некоторые митрополиты (например, Петр и Фотий) поэтому установили правило, чтобы вдовые священники слагали с себя сан или поступали бы в монахи, если желали сохранить свое право священнодействия. Но правило это часто не соблюдалось. Московский собор теперь вновь его подтвердил; однако сделал ту уступку, что позволил вдовцам, не вступившим в монашество и не уличенным в дурной жизни, во время обедни стоять на клиросе и, кроме того, отправлять некоторые службы, за исключением обедни, и определил выдавать на их содержание четвертую часть церковных доходов. Вопрос о вдовых попах и дьяконах, позволявших себе зазорное сожитие, возник собственно в Новгородско-Псковской земле, где вообще духовенство отличалось менее строгой жизнью сравнительно с другими русскими областями. Поэтому означенное соборное постановление, распространенное на всю Северо-Восточную Русь, возбудило в некоторых местах сильный ропот. До нас дошло написанное по сему случаю к отцам собора резкое и красноречивое послание Георгия Скрипицы, одного вдового священника в городе Ростове, в том городе, где духовенство выдавалось своим книжным образованием.
«Вы осудили, — писал Скрипица, — всех иереев и дьяконов, настоящих и будущих, за смерть их жен, но в смерти они неповинны; смерть наводит Бог. И за такую вину, за посещение Божие, вы как злодеев отлучили от священства братию свою, не испытав грехов. Вы положили в церкви вечную вражду между собою и священниками: как же дерзаете входить в св. алтарь?.. Зачем вы смешали добрых со злыми и, не разлучив злых от праведных, велите постригаться в монашество, чтобы священнодействовать?.. И вашему собору кто не подивится, кто не посмеется в чужих землях, услышав, что иереям и дьяконам, по смерти жен, запрещено служить?.. Вы говорите: мы совершили то ради благочестия, очищая церковь, так как попы вместо жен держат наложниц. Но рассудите, от кого зло сталось в нашей земле: не от вашего ли нерадения, что вы злых не казнили, не отлучали от священства? Вы ни сами, ни чрез избранных священников не наблюдаете за священниками и не посылаете в города и села испытывать, кто как пасет Церковь Божию; но надзираете за священниками, по царскому чину, через бояр, дворецких, неделыциков, тиунов, доводчиков, ради своих прибытков… Зачем вы положили вражду не только со священниками, но и со вселенскими соборами? Чего они не учинили, то учинили вы своим произволением».