Гибель Арсения явилась последним актом вековой борьбы за идею независимости Церкви от государства. Лишь немногие из иерархов были проводниками этой идеи, например, святитель Филипп, митрополит Московский, при Иване IV или патриарх Никон при царе Алексее Михайловиче. Арсений разделял взгляд Никона на значение епископской власти, хотя и не заострял внимания на государственно–и церковно–политических последствиях этого взгляда. Он был сторонником полного разделения власти между Церковью и государством. Эта принципиальная позиция Арсения читалась между строк в его писаниях (в том числе и времен императрицы Елизаветы), которые внешне были посвящены вроде бы только вопросу о церковных вотчинах и об упразднении контроля над ними со стороны Коллегии экономии, и это не ускользнуло от внимания умной императрицы Екатерины. В крайнем случае, Арсений готов был примириться с дальнейшим существованием Святейшего Синода, коль скоро ничего лучшего не предвиделось. Теоретически в сложных ситуациях он, по его собственным словам, признавал даже за монархом право на волевые решения. Но фактически Арсений представлял себе Святейший Синод совершенно независимым от государства и возглавляемым либо патриархом, либо другим иерархом, равным ему по полноте власти. Эти принципиальные вопросы мало интересовали правительство. Решающими для него были чисто практические соображения. В XVI столетии государство еще соглашалось оставить богатства церковных вотчин в руках Церкви. В XVIII же столетии оно не могло уже долее отказываться от использования огромных земельных владений Церкви. Задачи, стоявшие перед государственной казной, и ее финансовые затруднения возросли за это время многократно и бесконечно усложнились. И при этом вовсе не так уж были важны личные религиозные убеждения монархов, будь то «протестантизм» Петра III или «благочестие» Екатерины II. Независимо от них давно назревшая проблема сама подталкивала к такому решению вопроса, которое было прямо противоположно желаниям Арсения. Все его протесты против секуляризации не могли не оказаться тщетны [618]
.