Еще в 1829 г. митрополит Филарет навлек на себя недовольство императора тем, что отказался освящать воздвигнутую в Москве Триумфальную арку с фигурами языческих богов, тогда Николай I в гневе покинул Москву накануне назначенного срока. Одна из проповедей Филарета во время эпидемии холеры в 1831 г. показалась императору слишком критичной по отношению к мероприятиям правительства, за другую митрополит получил даже высочайший выговор. В 1826 г. Николай I учредил Корпус жандармов и всемогущее III Отделение собственной Его Императорского Величества канцелярии. Жандармские офицеры доставляли, большей частью по тайным запросам обер–прокурора, донесения из губерний о епархиальных архиереях, основывавшиеся главным образом на доносах. Нечаев притворился возмущенным и уговорил осторожного Филарета написать меморандум, который он с хитрым расчетом представил императору в нужный момент [683]
. Следствием было, как и ожидалось, значительное охлаждение отношений между Николаем, не терпевшим никакой критики в адрес своего любимого детища — Жандармского корпуса, и митрополитом. Из переписки Филарета с настоятелем Троице–Сергиевой лавры явствует, насколько не удовлетворяло митрополита ведение дел в Святейшем Синоде. Он был недоволен отсутствием единомыслия, внешними влияниями и невниманием со стороны правительства. А. В. Горскому он жаловался на то, что Свод законов был опубликован без участия Святейшего Синода, которому не дали высказать свое мнение о положениях, касающихся духовенства [684]. Престарелый митрополит Серафим подписывал не глядя все, что поступало ему на стол от Нечаева. Остальные члены Святейшего Синода с 1836 г. слишком часто сменялись. Дольше всего сохранил свои полномочия здесь обер–священник армии и флота В. Н. Кутневич, который пользовался особым благоволением императора и оставался неуязвимым для Протасова. Кутневич был лучшим знатоком синодальных дел и хорошо ориентировался в законах и каноническом праве. Он занял в Синоде совершенно независимое положение и часто поддерживал мнение Московского митрополита. Многолетним членом Святейшего Синода был также Иона Василевский, экзарх Грузии, назначенный в Синод еще в 1821 г., фактически же ставший его членом лишь в 1832 г., оставаясь им до 1849–го — года своей кончины. Этот отличный администратор, проявивший себя как образцовый церковный организатор в своей Кавказской епархии, был мало активен в Синоде. Членом Святейшего Синода был долгие годы и Григорий Постников, сначала епископ Калужский (1827), затем архиепископ Тверской (1831–1848) и, наконец, архиепископ Казанский (1848–1850). Он выступал за точное соблюдение церковных правил и законов и часто поддерживал митрополита Филарета против Протасова. Он был удален из Синода «по случаю глазной его болезни». Та же участь постигла архиепископа Рязанского Гавриила Городкова, который «осмеливался даже выражать иногда неудовольствие и несогласие на некоторые распоряжения и действия» Протасова. Гавриил смог продержаться в Синоде лишь два года (1841–1843). Киевский митрополит Филарет Амфитеатров также не смог долго переносить деспотию Протасова и 25 марта 1842 г. попросил разрешения вернуться в свою епархию; это прошение было самовольно, без ведома императора, удовлетворено Протасовым. Такого рода увольнения из–за разногласий с обер–прокурором происходили впоследствии не раз. В конце концов это случилось и с митрополитом Филаретом Дроздовым [685].В 1841 г. в Святейшем Синоде рассматривалось дело Павского о литографическом размножении перевода некоторых книг Ветхого Завета [686]
. В этой связи Филарет заметил: «Нужно позаботиться о доставлении правильного и удобного пособия к уразумению Священного Писания». И Петербургский митрополит Серафим, и Протасов усмотрели в этом призыв к изданию русского перевода Библии и взволновались. Во время одного из своих докладов Николаю I Протасов упомянул среди прочего о том, что в духовных академиях «в изучении Священного Писания вкрадывалось лютеранское начало». Резолюция императора, в которой выражалось его огорчение по поводу «допущения столь пагубного направления», явно целила против Филарета, который, чувствуя себя задетым, просил об увольнении его в свою епархию. Протасов доложил императору, что у него как обер–прокурора нет никаких возражений, и вердикт Николая был краток: «Может ехать». 8 мая 1842 г. Филарет покинул Святейший Синод, чтобы никогда более туда не возвращаться. В Москве по его прибытии сперва даже ожидали, что вскоре последует увольнение митрополита на покой [687].