Министерство состояло из двух департаментов: Департамента духовных дел и Департамента народного просвещения. Для нас представляет интерес административная структура первого, поскольку департамент занимался религиозными делами христианских исповеданий (православного, римско–католического, евангелического, греко–униатского, армяно–григорианского) и нехристианских религий (иудаизма, мусульманства и др.). Три отделения департамента были предназначены для христианских исповеданий, а четвертое — для нехристианских. «Греко–российское исповедание» находилось в ведении первого отделения под непосредственным руководством занимавшего в то время должность обер–прокурора князя П. С. Мещерского. Греко–российское отделение именовалось Ведомством православного исповедания; это возникшее в 1817 г. название стало официальным для православной Церкви в России (например, в докладах обер–прокурора Святейшего Синода), применявшимся вплоть до 1917 г. Директору департамента подчинялся наряду с начальниками отделений также и обер–прокурор; под началом последнего находились секретари консисторий в епархиях, прокуроры контор Святейшего Синода в Москве и в Грузии, начальник Комиссии духовных училищ, т. е. все епархиальное управление и управление духовными учебными заведениями. Ведомство православного исповедания как отделение состояло в свою очередь из двух подотделений — столов. В компетенцию первого из них входили: а) собрание «мемуаров» Святейшего Синода; б) административные доклады Святейшего Синода; в) Комиссия духовных училищ; г) переписка Святейшего Синода и комиссии; д) сношения с прочими министерствами и ведомствами по делам церковного управления; е) связи с обеими конторами Святейшего Синода через их прокуроров; ж) попечение о православных в Польше, на православном Востоке и за границей вообще; з) заключение браков между православными и иноверцами. Второй стол занимался: а) делами Присутствия Святейшего Синода — увольнением и назначением его членов; б) вызовом епископов в Святейший Синод; в) духовенством и церквами обеих столиц; г) конторами Святейшего Синода; д) увольнением и назначением обер–прокурора и чиновников (обер–секретарей и секретарей) канцелярии департамента и Комиссии духовных училищ; е) духовенством и чиновниками в епархиях, всеми происшествиями в епархиях, а также секретными донесениями.