Прежде нежели собравшиеся на Собор приступили к избранию нового митрополита, царь предложил им рассудить о некоторых внешних преимуществах Русского первосвятителя и сказал: "Отец наш и богомолец митрополит носит черный клобук, а прежние Русские митрополиты чудотворцы Петр и Алексий, архиепископ Новгородский Иоанн и Ростовские чудотворцы Леонтий, Игнатий и Исаия носили белые клобуки, как и изображаются они на иконах. Последующие затем митрополиты и Ростовские епископы и архиепископы носили уже черные клобуки, а почему отложены были белые, мы не нашли в писании. Новгородский же архиепископ Пимен, богомолец наш, носит белый клобук, и прежние Новгородские архиепископы носили белые клобуки, по какому случаю - мы также не знаем из писания. Кроме того, архиепископы Новгородский и Казанский печатают свои грамоты, благословенные и носильные, красным воском, а митрополит печатает свои грамоты черным воском. Между тем митрополит есть высший иерарх Русской Церкви, есть глава архиепископам и епископам, и он-то не имеет преимущества пред архиепископами и епископами". Рассудив о всем этом, царь и отцы Собора вместе постановили и утвердили: впредь Русскому митрополиту носить белый клобук с рясами и херувимом по примеру чудотворцев Петра и Алексия; равно печатать митрополиту грамоты благословенные, ставленые и носильные красным воском, с изображением на одной стороне печати Богоматери, а на другой - руки благословляющей и вокруг нее имени митрополита; также Новгородскому архиепископу носить белый клобук и печатать красным воском по прежнему обычаю, а Казанскому архиепископу только печатать красным воском. Это постановление Собора состоялось 2 февраля 1564 г. Само же избрание нового митрополита Собор произвел уже 24 числа того же месяца; избран был, а 5 марта и рукоположен в сан первосвятителя инок Чудова монастыря Афанасий, прежде бывший протоиерей Благовещенского собора (Андрею и духовник государев.
Имея в виду последнее обстоятельство, которое, вероятно, и было главною причиною избрания Афанасия, могли надеяться, что новый первосвятитель более других в состоянии будет действовать на Иоанна и пользоваться его расположением. Но не прошло года, как увидели, что таким надеждам не суждено оправдаться. Измена князя Андрея Курбского и некоторых других бояр, бежавших в Литву, и вскоре за тем последовавшие вторжения литовцев и крымцев в русские пределы до того усилили подозрительность в Иоанне, что он не считал себя безопасным в самой Москве, и 3 декабря со всем своим семейством и многими приближенными людьми, взяв с собою разные драгоценности, выехал из столицы неизвестно куда. Чрез месяц (3 генваря 1565 г.) из Александровской слободы он прислал митрополиту грамоту, в которой горько жаловался сначала на бояр вместе вообще с служилыми людьми за их постоянные измены и злоупотребления, потом на святителей и все духовенство - за то, что они, соединясь с боярами, вступаются за виновных, покрывают их своим ходатайством пред государем, и наконец объявлял, что, не могши более сносить многих изменных дел, он оставил свое государство и поехал поселиться там, где Бог укажет. Грамота эта имела в Москве потрясающее действие. Все со слезами просили митрополита отправиться к Иоанну и умилостивить его, но потом рассудили, что присутствие митрополита необходимо в столице, оставленной государем, и послали к нему Новгородского архиепископа Пимена с четырьмя другими владыками и несколькими архимандритами, а вслед за ними поехали многие бояре, приказные люди и другие. Иоанн принял духовных и бояр, выслушал их слезные мольбы, повторил свои укоризны боярам и в заключение сказал, что "для отца своего митрополита Афанасия и для своих богомольцев, архиепископов и епископов" соглашается взять свои государства, но с условием, чтобы не препятствовали ему казнить виновных по своему усмотрению и чтобы духовенство не стужало и не претило ему своим ходатайством. Условие, конечно, было принято, и Иоанн, возвратившись в Москву, учредил известную опричнину со всеми ее безрассудствами, неистовствами и ужасами. Начались казни бояр и невыносимые притеснения всем земским людям от царских опричников. Митрополит и епископы могли скорбеть о несчастных и молиться за них, но не смели ходатайствовать пред государем. Знаем только два исключения: Иоанн, простив знатного вельможу Яковлева и возвратив из ссылки славного своего воеводу Воротынского, четыре года прожившего на Белоозере, сам объявил, что за них были ходатаями митрополит и епископы. Среди тяжких обстоятельств отечества, которые не могли не действовать на дух и на здоровье старца митрополита, Афанасий не замедлил по болезни добровольно оставить свой престол (16 мая 1566 г.), который занимал только два года и два с небольшим месяца, и отошел в Чудов монастырь, где принял некогда монашеское пострижение.