К прискорбию, нашлись и между духовными лицами, по выражению древнего жития святого Филиппа, предатели, старавшиеся только об угождении царю. Это были Пимен, архиепископ Новгородский, Пафнутий, епископ Суздальский, Филофей, епископ Рязанский, и протоиерей Благовещенского собора Евстафий, царский духовник, которого Филипп подверг запрещению за какие-то проступки. Особенно этот последний, т. е. духовник царя, непрестанно доносил ему, тайно и явно, хульные речи на митрополита. Время шло, неистовства опричников не прекращались, царь нимало не исправлялся. И святитель, испытав недостаточность тайных вразумлений царю, решился начать (22 марта 1568 г.) открытые, всенародные обличения ему. Иоанн пришел в соборную церковь; здесь святой Филипп обратился к нему с следующею речью: "О державный царь! Ты облечен самым высоким саном от Бога и должен чтить Его более всего. Тебе дан скипетр власти земной, чтобы ты соблюдал правду в людях и царствовал над ними по закону: правда - самое драгоценное сокровище для того, кто стяжал ее. По естеству ты подобен всякому человеку, а по власти подобен Богу - как смертный, не превозносись, а как образ Божий, не увлекайся гневом. По справедливости, властелином может назваться только тот, кто сам собою обладает и не работает позорным страстям. От века не слыхано, чтобы благочестивые цари волновали свою державу, и при твоих предках не бывало того, что ты творишь, у самих язычников не случалось ничего такого…" Услышав эти обличения, царь в ярости сказал: "Что тебе, чернецу, за дело до наших царских советов? Того ли не знаешь, что меня мои же хотят поглотить?" Филипп: "Я точно чернец, но по благодати Святого Духа, по избранию священного Собора и твоему изволению я пастырь Христовой Церкви и вместе с тобою обязан иметь попечение о благочестии и мире всего православного христианства". Иоанн: "Одно тебе говорю, отче святой: молчи, а нас благослови действовать по нашему изволению". Филипп: "Благочестивый царь, наше молчание умножает грех души твоей и может причинить смерть". Иоанн: "Владыко святой, восстали на меня друзи мои и искренний мои ищут мне зла". Филипп: "Государь, тебе говорят неправду и лукавство; приближь к себе людей, желающих советовать тебе доброе, а не льстить, и прогони говорящих тебе неправду". Иоанн: "Филипп, не прекословь державе нашей, да не постигнет тебя мой гнев, или сложи свой сан". Филипп: "Не употреблял я ни просьб, ни ходатаев, ни мзды, чтобы получить этот сан; зачем лишил ты меня пустыни? Если для тебя ничего не значат каноны, делай как хочешь". Царь пошел в свои палаты в большом раздумье и в гневе на святителя.