Будучи киевским воеводою, князь Острожский по-прежнему не допускал унии утвердиться в Киеве, и все киевские священники оставались в православии, не признавая над собою власти Потея. В 1603 г. по открывшейся надобности они избрали из среды своей протопопа, отца Ивана Мужиловского, и послали свой выбор в Острог на утверждение князя. Сам избранный явился туда же, чтобы князь "конфирмовал его на то старшинство". По этому случаю князь написал киевским священникам, крылошанам и всему духовенству послание, которым извещал, что так как все они согласно и добровольно избрали себе протопопом достойного отца Мужиловского, то и должны отдавать ему надлежащую честь и повиновение, а он, князь, "с своей стороны на то старшинство благословивши" избранного, поручает их милости Господа Бога. Тут князь, очевидно, говорил и действовал как экзарх патриарший. Заботливость князя простиралась и на киевские монастыри. Он восстановил древний Кирилловский монастырь, от которого сохранялась одна только церковь. В 1605 г. князь назначил туда настоятелем игумена своего острожского монастыря Святого Креста отца Василия Красовского и поручил ему отыскивать на основании королевских грамот принадлежавшие монастырю земли и угодья, которыми владели теперь разные незаконные владельцы. И отец Василий в продолжение своего девятилетнего настоятельства успел возвратить Кирилловскому монастырю все его владения, оправил в нем "своим накладом" церковь, собрал братию и построил для них деревянные кельи.
Полное участие показывал князь Острожский Львовскому братству. Братство это много терпело не от униатов, которые еще не проникли во Львов, а от местных поляков-латинян, как терпело и прежде, до унии. Они стесняли православных в обрядах богослужения, в занятиях ремеслами и торговлею, в обучении детей и пр. В 1599 г. братство нашлось вынужденным возобновить свои жалобы пред королем, и князь Острожский сам приезжал во Львов, посетил братский монастырь и братскую церковь, расспрашивал членов братства и послал за них к королю свое письменное ходатайство. Но король по обычаю и теперь отложил это дело до следующего года. А в следующем году львовский магистрат, состоявший из одних латинян, придумал еще новый способ для унижения православных, постановив, чтобы каждый православный священник города приносил на праздники каждому из двенадцати радцев магистрата по две копы яиц, по два калача и по два гроша. Братство воспротивилось этому, но дань собирали насильно, а пятерых старших братчиков засадили в тюрьму. И началась у братства новая тяжба с магистратом в Варшаве, стоившая братству многих денег, но не приведшая ни к чему. Князь Острожский написал братству утешительное письмо (17 мая 1600 г.), советовал терпеть, молить Бога, чтобы Он направил сердце короля на путь справедливости, и надеяться, что на будущем сейме русские послы употребят все усилия для защиты православных от угнетений. И братство действительно не унывало: в том же году оно издало в своей типографии "Оглашение Церкве братской Львовской", в котором, объявляя о своем крайне бедственном положении от латинян, выражало твердую решимость бороться с врагами православия до конца, всячески поддерживать свою "школу наук христианских, грецких и словенских" вместе с "друкарнею письма греческаго и словенскаго" и приглашало всех православных края оказывать ему, братству, свою помощь и содействие, причем указывало на то, что даже евреи отовсюду прислали помощь своим львовским единоверцам и не дали отцам иезуитам взять их в школу и божницу во Львове. Из братской друкарни в следующем году выпущена богослужебная книга "Октоих".