Со времени своего примирения Гедеон и братство действовали уже согласно на пользу православной Церкви. Мы видели, что еще в 1597 г. Александрийский патриарх Мелетий, правивший и Цареградским патриархатом, давал Гедеону совет завести училища при архиерейских кафедрах, особенно Львовской, и Гедеон только теперь решился исполнить этот патриарший совет и основал на своей родине, местечке Стрятине, вместе с племянником своим Федором Юрьевичем Балабаном гимназию и типографию, из которой в 1604 г. вышла первая книга Служебник. В предисловии к ней Гедеон, именуя себя "эксархом трону Константинопольскаго", также "эксархом Вселенскаго престола", извещал, что доселе удерживался от исполнения совета патриарха Мелетия своею болезнию и что теперь, осуществив этот совет, вместе с племянником своим "от своих имений отеческих" он выпустил для православных из своей типографии первую священную книгу - Литургию, а потом, если Бог продолжит жизнь, не замедлит выпустить одну за другою и прочие богослужебные книги, и не только богослужебные, но и книги учителей церковных. Братство Львовское в 1603 г. имело радость приобресть себе нового члена, впоследствии прославившегося особенною ревностию о православии, чашника земли Волынской Лаврентия Древинского, который обязался вносить на братство и его школу по четырнадцати колод жита из двух своих имений. В следующем году то же братство определило в свою школу нового ректора и вместе учителя языков греческого и латинского Ивана (впоследствии Иова) Борецкого, бывшего в ней прежде учеником, и назначило ему жалованья по десяти злотых в три месяца, а для преподавания славянского языка и управления хором певчих определило учителя Федора Сидоровича с жалованьем по пяти злотых в три месяца. Но в этом же 1604 г. Гедеону и братству пришлось испытать большую тревогу. В мае месяце, когда Гедеона не было во Львове, туда внезапно приехал Ипатий Потей, чтобы лично завладеть и епископскою резиденциею, и соборною Георгиевскою церковию. В городе произошло необычайное смятение. Члены братства и вообще православные мещане окружили толпами как епископский дом, так и соборный храм и не впустили Потея ни в тот, ни в другой. Потей должен был остановиться в доме одного латинянина, аптекаря Яна, и 22 мая чрез светских чиновников прибил на стенах православных церквей свои листы, которыми требовал, чтобы чрез три дня епископ Гедеон, духовенство и братство явились к нему как митрополиту Галицкому и признали над собою его власть, угрожая, в противном случае, строгими мерами. Между тем возвратился в город и Гедеон и того же 22 мая издал пастырское воззвание ко всем духовным и мирянам своей епархии, в котором, обвиняя Потея в чрезвычайных смятениях, произведенных его незаконными действиями, приглашал всех собраться 26 мая в церковь Успения Пресвятой Богородицы "для совещаний об общем мире церковном и для придумания мер против нарушивших общественное спокойствие смятений". Разумеется, к Потею никто из приглашенных им не явился, и он, совершив пред своим отъездом из города торжественную службу в латинском костеле, предал всех православных жителей Львова проклятию и возбудил против них новые преследования со стороны местных латинян. Князь Острожский по просьбе епископа Гедеона и Львовского братства написал обо всем этом королю и успел выпросить у него, как извещал братство от 10 августа, грамоту, которою король приказывал Потею прекратить свою "фурию". А от 19 декабря король дал письменное повеление и львовским бурмистрам, чтобы они не притесняли русских и не препятствовали им в занятиях ремеслами и в отправлении богослужения.