Еще до окончания сейма он выпросил у Сигизмунда привилегию Рутскому на архимандритство в Троицком монастыре и две грамоты (от 20 февраля) к виленскому магистрату, с которыми новый архимандрит тотчас и отправился в Вильну: одною грамотою король извещал бурмистров о назначении Рутского архимандритом и повелевал им признавать его и отдавать ему надлежащую честь, а другою приказывал тем же бурмистрам отобрать виленские церкви у прежних священников, возмутившихся против Потея, и передать новым, которых он назначит. По первой грамоте русские бурмистры и радцы оказали сопротивление. Ввести Рутского в управление Троицким монастырем король поручил декретом от 2Q февраля дворянину своему Яну Буйвилу. Прибыв в Вильну (7 марта) и взяв с собою четырех свидетелей, Буйвил отправился прямо в Троицкий монастырь, объявил монахам королевский лист и передал Рутскому монастырь со всеми его имениями. Но, выходя из монастырской церкви, он встретил множество православных и между ними Ивана Тупеку и других русских членов магистрата, которые объявили, что присланы своими бурмистрами воспрепятствовать передаче монастыря Рутскому, так как право подаванья этого монастыря принадлежит бурмистрам. Буйвил отвечал, что он свое дело уже окончил и отъезжает, а они, если угодно, могут отстаивать свое право судебным порядком. Радцы действительно и внесли (9 марта) свою жалобу на Буйвила в виленские городские книги. А один член грозил даже застрелить Рутского, о чем тот и принес жалобу. Еще более сопротивления оказали русские бурмистры и радцы по второй грамоте короля. Рутский не прежде передал ее в магистрат, как уже вступив в действительное управление Троицким монастырем, и требовал немедленного по ней исполнения. Русские очередные радцы Иван Тупека и Исаак Кононович отнеслись к грамоте без надлежащего уважения, помыкали ею по столу, клали на нее какие-то свои привилегии, потом читали ее пред народом и порицали короля за его великие неправды. В тот день, когда бурмистры и радцы собирались отвечать Рутскому на эту грамоту, огромная толпа вторглась в магистрат, выломав двери, и кричала, чтобы никто не смел отнимать церкви у православных и отдавать изменнику митрополиту. И члены магистрата не только не приняли никаких мер к обузданию толпы и к отобранию церквей, но не согласились даже вписать королевскую грамоту в свои магистратские книги. Вскоре за тем возвратился с сейма в Вильну Сенчило, его в монастырь Троицкий не впустили, он отправился в ратушу и протестовал; бурмистры также протестовали 19 марта. И в тот же день Сенчило явился в Троицкий монастырь с чернецами Свято-Духовской церкви (при которой, следовательно, продолжал существовать монастырь) и множеством членов Свято-Духовского братства разных сословий, вошел в Троицкий храм, где совершалась литургия, заявил свой протест против Рутского и хотел насильно отнять монастырь и поселить в нем свято-духовских монахов. Рутский на другой же день принес жалобу на Сенчилу королевскому наместнику в Вильне, а Свято-Духовское братство, Сенчило и русские члены виленского магистрата подали (21 марта) свои жалобы на Потея и Рутского за незаконное овладение ими Троицким монастырем в главный трибунальный суд, так как по сеймовому постановлению 1609 г. все споры между православными и униатами о церквах, монастырях, имениях и взаимных обидах должны были решаться этим судом. Наконец, и сам Потей подал жалобу в тот же суд на виленских священников за то, что они отняли у него виленские церкви.