Когда, наконец, открылся главный трибунальный суд и приступил 20 мая к разбирательству жалоб, поданных православными виленцами на Потея и Рутского, то уполномоченный Потея пан Мартин Пядевский и отец Рутский заявили, что жалобы эти должны разбираться не самим трибунальным судом, состоящим из одних светских лиц, а судом смешанным - из нескольких членов трибунального суда и из такого же числа духовных депутатов. Трибунальный суд не согласился, ссылаясь на то, что ему именно предоставлены такого рода дела сеймовою конституциею 1609 г., а противная сторона ссылалась на добавление к означенной конституции, отдававшее эти дела суду смешанному. Потому состоялись два совершенно отдельные разбирательства и два противоположные решения. Трибунальный суд обвинил Потея и Рутского в том, что они совершенно незаконно отняли у православных Троицкий монастырь, и приговорил виновных к уплате десяти тысяч злотых. А духовные депутаты, которые все были из латинского духовенства (чего можно было ожидать от них православным?), действуя в качестве смешанного суда, хотя на нем не было ни одного светского члена, совершенно оправдали Потея и Рутского и обвинили самих жалобщиков, т. е. Свято-Духовское братство, Сенчилу и виленских бурмистров русской лавицы, и, кроме того, положили отослать свое решение на усмотрение самого короля. Король тотчас же отменил решение трибунального суда и передал дело на рассмотрение задворного суда. Ровно через полмесяца, т. е. 5 июня, трибунальный суд приступил к рассмотрению жалобы митрополита Потея на виленских священников, будто бы незаконно отнявших у него виленские церкви. Но и теперь тот же уполномоченный Потея заявил, что дело должно разбираться не на трибунальном, а на смешанном суде, и теперь трибунальный суд не уважил этого заявления, и сам рассмотрел дело во всех подробностях, и решил, что Потей не имеет никакого права на виленские православные церкви, во-первых, потому, что он несправедливо называет себя митрополитом, будучи лишен сана Цареградским патриархом за отпадение в унию, а во-вторых, потому, что право подаванья виленских церквей принадлежит вовсе не митрополиту, а виленским бурмистрам русской веры. Вместе с тем суд признал виленского протопопа Жашковского и священников совершенно оправданными и оставил при их правах и обязанностях. Духовные судьи протестовали, а Потей принес на такое решение трибунального суда жалобу королю, в его задворный, или асессорский, суд. Задворный королевский суд из нескольких сенаторов, под председательством канцлера Льва Сапеги открыл свои заседания в Вильне, куда прибыл король к концу июня; суд этот, во-первых, по жалобе Потея на протопопа Жашковского и виленских священников осудил (8 июля) протопопа как бунтовщика и определил возвратить Потею Пречистенский собор с митрополичьим домом и все виленские церкви; во-вторых, по жалобам Сенчилы и других православных Вильны на Потея и Рутского отменил и кассировал (10 июля) решение трибунального суда и утвердил во всем решение суда смешанного или, вернее, духовного; наконец, признал виновными в бунте и оскорблении величества и присудил к смертной казни двух русских радцев - Ивана Тупеку и Исаака Кононовича, отнесшихся в марте с таким неуважением к королевской грамоте об отобрании виленских церквей и бывших главными виновниками тогдашних беспорядков. Впрочем, король смягчил наказание обвиненным и приказал, чтобы они были только лишены своих должностей и обязаны что-либо соорудить для укрепления или украшения Вильны.