Едва прошло несколько дней со времени возвращения митрополита Филарета, как совершилось его избрание и наречение в патриарха. В Москве находился тогда Иерусалимский патриарх Феофан, прибывший к нам ради милостыни и в первый раз представлявшийся государю 19 апреля того года. Встреча этого патриарха, когда он приближался к Москве и в самой Москве, а потом торжественный прием его государем в Золотой палате происходили по тому образцу, как прежде все это было устроено для Цареградского патриарха Иеремии. Помещение Феофану и его свите дано было в Чудовом монастыре. Неизвестно, в какой именно день Феофан держал совет с митрополитами, архиепископами, епископами и всем освященным Собором Русской земли, но только на этом совете все единогласно положили просить митрополита Филарета Никитича, чтобы он воспринял на себя патриаршеский сан, потому что ведали его "достойна быти таковому делу, и мужа во учениих Божественных апостол и отец зело изящна, и в чистоте жития и благих прав известна, наипаче же и сего ради, яко по плоти той царев отец, и сего ради да будет царствию помогатель, и строитель, и сирым заступник, и обидимым предстатель". Филарет долго не соглашался, называл себя недостойным, указывал на свою старость, на понесенные им скорби и озлобления, преждевременно изнурившие его, на свое желание посвятить себя безмолвному житию. Но когда после новых усиленных, но напрасных просьб напомнили ему, как бы он не подвергся гневу Божию за свое непослушание мольбам целого Собора и сопротивление воле Божией, старец митрополит дал свое согласие. Июня 20-го был у государя патриарх Феофан, а 21-го царь и отец его, посовещавшись между собою, приговорили быть наречению последнего на патриаршество Московское в следующий день. В этот день после молебствия в Успенском соборе Иерусалимский патриарх со всеми прочими архиереями прибыл в царскую Золотую палату, где уже находился царь с своими боярами, и, возвестив ему торжественно о состоявшемся избрании отца его на патриаршество, просил объявить об этом самому митрополиту Филарету и пригласить его для наречения в сан патриарха. Царь послал для этого к своему отцу двух архиереев и двух светских сановников. И когда Филарет явился, то царь сначала чрез думного своего дьяка Ивана Грамотина объявил ему об его избрании на патриаршество Собором, а потом сказал сам, что хотя доселе не смел просить его, своего родителя, на патриаршество, зная его на то непроизволение, но теперь, видя праведные судьбы Божии, просит его покориться воле Божией и воспринять патриаршеский престол. Филарет отвечал, что так как столь великое дело началось и совершается не по его хотению и мысли, то он, видя неизреченные судьбы Божии, не противится воле Божией, и царскому повелению, и патриаршему благословению и приемлет патриаршеский престол царствующего града Москвы и всея Великия России. Тогда царь поздравил своего отца с избранием и наречением на патриаршество и отпустил обоих патриархов и весь Собор в соборную церковь, откуда патриарх Феофан поехал к себе, прочие же архиереи отправились в патриаршие палаты, и возвели там новонареченного патриарха на патриаршее место, и многолетствовали ему при пении певчих. Затем царь посетил своего отца, чтобы поздравить его еще в патриарших палатах, а Филарет отстоял литургию в Успенском соборе "подле патриарша места" и по окончании ее угостил у себя своих архиереев и прочие власти обедом, к патриарху же Иерусалимскому Феофану посылал с кушаньями стольника князя Тюфякина. На другой день было еще "благовестие патриаршее". Филарет облачился в соборной церкви, в приделе Похвалы Богородицы, во все святительские ризы и совершил в алтаре краткое молебствие, стоя в царских дверях. Когда же, окончив молебствие, он вышел из царских дверей, то к нему приблизились посланные от патриарха Феофана Вологодский архиепископ Макарий и Коломенский епископ Рафаил и сказали: "Святейший Иерусалимский патриарх Феофан и с ним освященный Собор призывают твою святыню на патриаршество Богом спасаемого царствующего града Москвы и всея Великии России". Филарет отвечал: "Так как святейший господин наш и патриарх великого града Иерусалима и всей Палестины Феофан и с ним освященный Собор судили меня, недостойного, быть в таковом служении, благодарю, и приемлю, и нимало вопреки глаголю". Потом Филарет разоблачился, и соборный протопоп и протодиакон повели его на патриарший двор в палату, где уже заседали на своих местах патриарх Феофан, прочие архиереи и духовенство. Филарет три раза поклонился Собору, поцеловал у Феофана правые колено, руку и ланиту, поцеловался со всеми другими архиереями и был посажен на особое седалище. Протодиакон взял кадильницу и начал кадить иконам, обоим патриархам и всему духовному чину, а певчие в это время пели многая лета преосвященному патриарху Московскому и всея России Филарету. Так вполне окончилось наречение его на патриаршество. В четверг, 24 июня, совершено было в Успенском соборе Иерусалимским патриархом Феофаном и прочими архиереями самое поставление Филарета Никитича в сан патриарха по тому самому чину, по которому некогда был поставлен первый Русский патриарх Иов, с весьма незначительными отличиями в подробностях, почему мы и не станем излагать этого священнодействия. По случаю такого торжества царь устроил для знатного духовенства богатую трапезу в своей Золотой палате. За одним столом сидел Иерусалимский патриарх, за другим - Црь с своим отцом. Московским патриархом, за третьим сидели прочие архиереи, архимандриты и игумены. Посидев немного, Филарет встал из-за стола, совершил по обычаю шествие на осляти вокруг города и, возвратившись, снова сел за стол. По окончании обеда царь щедро обдарил обоих патриархов.