Спустя неделю после поставления Филарета Никитича, следовательно, 2 июля оба патриарха повелели Ионе, митрополиту Крутицкому, предложить дело Дионисия и его товарищей на Соборе. Это был уже Собор не одного московского духовенства, судивший прежде и осудивший исправителей Требника, но Собор всех русских архиереев с подчиненными им духовными лицами в присутствии двух патриархов и самого государя. На Соборе происходили многие прения и изыскания от Божественных писаний, Дионисий стоял в ответе более восьми часов и опровергал возражения всех своих обвинителей-клеветников. И все они были посрамлены вместе с Крутицким митрополитом Ионою. А преподобный Дионисий был похвален и прославлен от самого царя Михаила Федоровича и явился как истинный страдалец, стоявший крепко за Божественное писание. Патриархи же, и митрополиты, и архиепископы, и весь освященный Собор удивлялись ему, целовали его все любезно и благословляли его радостною душою. Дионисий с великою честию и со многими дарами отпущен был в лавру. Здесь он в скором времени имел радость принимать у себя своего главного благодетеля - патриарха Феофана, пожелавшего посетить знаменитую обитель русскую и поклониться мощам ее основателя. Дионисий со всею братиею сделал Феофану царскую встречу и потом оказывал ему всевозможные почести. Патриарх совершил в Троицком соборе литургию, присутствовал за братскою трапезою и почти непрерывно плакал, но плакал, как сам объяснил, слезами радости, видя святую обитель, потерпевшую столько бед и скорбей во время продолжительной осады от врагов, но спасенную милостию Божиею и теперь радующуюся и торжествующую. Пожелал видеть всех тех иноков, которые во дни осады возлагали на себя броню, брали оружие в руки и крепко ратовали. Таких оказалось более двадцати. Патриарх всех их благословил, любезно целовал и отпустил с похвалами. Пред отъездом из лавры, помолившись у мощей преподобного Сергия, Феофан снял с себя клобук, положил его у ног великого чудотворца, потом поцеловал и с молитвою возложил на главу архимандрита Дионисия, завещав, чтобы как Дионисий, так и преемники его носили этот клобук на благословение от Иерусалимского патриарха, а братии повелел записать об этом на память будущим родам. Вместе с Дионисием оправданы были на Соборе и его сотрудники: Арсений и Наседка. Арсений не только освобожден был из своего заточения, но, как человек просвещенный и благонадежный, сделан был справщиком печатных книг и много лет потрудился на Печатном дворе. А поп села Клементьева Иван Наседка не только получил разрешение священнодействовать, но удостоился быть священником и ключарем московского кафедрального Успенского собора. Согласившись на оправдание Дионисия и его товарищей, Филарет Никитич не решился, однако ж, тотчас исключить из молитвы на Богоявление слово "и огнем". Он просил Феофана пред самым выездом его из Москвы (4 февраля 1620 г.) посоветоваться об этом с прочими патриархами, выписать означенную молитву из древних греческих богослужебных книг и прислать за подписями всех патриархов, а до того времени приказал печатать ее в Требнике по-прежнему, с прибавлением "и огнем", и только на поле припечатать: "Быти сему глаголанию до соборнаго указу". Патриарх Феофан, отпущенный из Москвы с богатою милостынею, хотя обещался исполнить желание Московского первосвятителя, не мог исполнить этого скоро. Долго пробыл он в Киеве, потом в Валахии, где находился еще в двадцатых числах марта следующего года. А когда возвратился к своей пастве, то немало времени потребовалось на сношения его с прочими патриархами по возложенному на него поручению.