Третий вопрос, давно уже ожидавший патриаршего решения, касался православных, отшедших по Столбовскому договору (27 февраля 1617 г.) под владычество шведов. Еще при заключении этого договора шведы настаивали, чтобы в уступленных Швеции городах Кореле, Орешке, Иван-городе, Копорье и Яме и в их уездах оставалось русское духовенство. В следующем году, когда шведские послы приходили в Москву для утверждения Столбовского договора, они просили, чтобы из названных городов и уездов дозволено было игуменам, попам и дьяконам приезжать для поставленья и благословенья к Новгородскому митрополиту и чтобы митрополит принимал их, и благословлял, и разрешал в духовных делах по-прежнему. Но в Москве митрополиты, архиепископы и епископы, а с ними и бояре сказали, что совершенного ответа на это учинить не могут, потому что "в то время в Российском государстве крайнего и высочайшего святителя, святейшего патриарха, не было", и дело было отложено до избрания патриарха. Когда же патриарший престол в Москве занят был наконец Филаретом Никитичем, тогда сам митрополит Новгородский Макарий, переведенный в Новгород из Вологды 22 июля 1619 г., переезжая чрез Москву, спрашивал царя и патриарха: как относиться ему к духовенству тех городов и уездов, которые уступлены Швеции, давать ли этому духовенству антиминсы и благословение? Вместо ответа царь и патриарх в августе прислали Макарию "образцовый список грамоты", с которою он должен был обратиться к игуменам, попам и дьяконам означенных городов и уездов. Этою грамотою Макарий извещал их, что, прибыв недавно на новую свою кафедру, Новгородскую, он с благословения святейшего патриарха не только не хочет отвергать и отлучать их от себя, хотя они находятся теперь под иноземною властию, напротив, желает иметь их по-прежнему членами своей духовной паствы, что они могут приходить к нему по всем делам духовным и получать от него благословение, посвящения на церковные степени, антиминсы и все относящееся к благоустройству храмов и что с повеления великого государя царя Михаила Федоровича приезд им в его царскую отчину по духовным делам будет вольный, и обид, и задержанья, и укоризненных слов ни от кого и ни в чем им не будет и сомневаться в этом они не должны, потому что "благочестивая вера утесненья никому не творит, но паче всем всюду мир и благословенье простирает". Спустя три года Макарий снова обращался в Москву с вопросом: давать ли ему разрешение и благословение на исправление ветхих церквей и на постройку новых и выдавать ли антиминсы христианам, которые во множестве приходят к нему с просьбами о том из городов и уездов, отошедших к Швеции? Царь и патриарх отвечали (в ноябре 1622 г.) своими грамотами Новгородскому митрополиту и воеводе, чтобы митрополит относился к этим христианам, как ему уже было разрешено прежде, благословлял им постройку и обновление церквей, выдавал антиминсы, ставил попов и пр., но под условием, если христиане те будут приходить к нему и просить его по своим делам духовным с ведома и дозволения местных шведских градоначальников и державцев, а не тайно, и чтобы в таких случаях сносился с этими светскими начальниками не сам митрополит, лицо духовное, а новгородский воевода с ведома и совета митрополичьего. Скоро, однако ж, шведы начали лютеранскую пропаганду между православными, находившимися под их властию, и еще в 1624 г. новгородскому воеводе велено было отвечать шведским державцам, требовавшим выдачи перебежчиков, чтобы они, шведы, "нашим людям в вере тесноты не чинили и не гонили, а учнут в вере теснить и гоненье чинить, и им поневоле будет бегать". В следующем году король Густав Адольф завел даже в Стокгольме с целью той же пропаганды славянскую типографию, в которой напечатан был Лютеров Катехизис на русском языке и на финском славянскими буквами. И эта пропаганда была, вероятно, не без успеха, потому что, когда в 1629 г. новгородские воеводы спросили государя, пускать ли им в кремль и Софийский собор для поклонения угодникам Божиим русских людей, которые приходят из уступленных Швеции городов и уездов и сами просят о том, от государя последовал приказ, чтобы воеводы предварительно разведывали, не пошатнулись ли эти русские люди в православии и не пристали ли к Лютеровой вере; тех, которые окажутся еще твердыми в православии, пускать в церкви, находящиеся в посаде, но не в кремль и не в Софийский собор, а тех, которые уже пошатнулись в православии и пристали к Лютеровой вере, не пускать и в посадские церкви, чтобы "нашей православной вере поруганья не было".