Не успел также киевский воевода взять в свое "держанье" Киево-Михайловского монастыря, чтобы передать его по воле короля своему родственнику униатскому монаху Тышкевичу. Братия Киево-Михайловского монастыря поспешили избрать себе игумена православного - бывшего дотоле наместником в Печерской лавре Филофея Кизаревича, который немедленно и занял свое настоятельское место. Было ли это делом всей братии или одной только партии, во всяком случае дело не могло совершиться без воли Петра Могилы, без его разрешения и распоряжения, потому что он был назначен по завещанию Иова опекуном Киево-Михайловского монастыря. К сожалению, как скоро объяснилось, это сделано было не только для того, чтобы монастырь не перешел в руки униатов, но чтобы он не достался и новоизбранному православному митрополиту. Исаии необходимо было теперь переселиться в Киев, а в Киеве он не мог найти себе иного помещения, кроме Михайловского монастыря, где жил и его предместник. И этого-то монастыря никак не хотел уступить новому митрополиту Кизаревич. Прошло более трех месяцев со дня избрания Исаии, потребовалось много хлопот и усилий, пока михайловские иноки согласились принять к себе на игуменство нового митрополита. В 29-й день октября они составили письменный акт, в котором говорили, что по смерти прежнего своего игумена митрополита Иова они теперь все "единогласно и полюбовно" избрали себе предстателем, игуменом и пастырем нового митрополита Исаию Копинского, "от всее Церкви згодне обраннаго", зная его издавна, "в том святом предстательстве верне с братиями поступующаго и в животе побожном всем прикладнаго, а над то в вере святой благочестивой добре сведомого, статечнаго и ни в чом не подозреного". Этот акт, скрепленный печатью и подписями всей капитулы Киево-Михайловского монастыря, тогда же был занесен в актовые земские книги Киевского воеводства. Но и теперь более месяца Исаия не мог поселиться в своем монастыре, потому что из настоятельских келий не хотел выезжать прежде избранный игумен Филофей Кизаревич, хотя он оставался и наместником Печерской лавры. По одному слову Могилы Кизаревич как подчиненный ему непременно переселился бы на свое место в лавру, но слово это, верно, не произносилось. Оказалось нужным употребить принуждение. По приглашению Исаии полковник запорожского войска Демьян Гарбуз явился 10 декабря с казаками в Михайловский монастырь и выпроводил из него Кизаревича. Исаия наконец вступил в управление своим монастырем и что же увидел? Все было разграблено, и из святительской ризницы, завещанной Иовом, не осталось даже ни одного епитрахиля.