Система шифра де ла Порты поразила его оригинальностью, но не простотой использования. Наблюдая в Риме замечательное искусство дешифрования, демонстрируемое главным настоятелем собора св. Петра, который в течение нескольких часов раскрыл турецкие шифры, несмотря на незнание турецкого языка, де Виженер стал сам изобретать шифры, не уступавшие по стойкости шифру де ла Порты. Написав большой труд о шифрах, де Виженер изложил свою систему шифра периодической лозунговой замены, которая явилась первым великим открытием в криптографии со времен Юлия Цезаря. Квадратный «шифр Виженера» на протяжении почти 400 лет не был дешифрован.
«Шифр Виженера», переложенный на современный русский алфавит, выглядит так:
А Б В Г Д Е Ж З И Й К Л М Н О П Р С Т У Ф Х Ц Ч Ш Щ Ъ Ы Ь Э Ю Я
А а б в г д е ж з и й к л м н о п р с т у ф х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я
Б б в г д е ж з и й к л м н о п р с т у ф х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а
В в г д е ж з и й к л м н о п р с т у ф х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а б
Г г д е ж з и й к л м н о п р с т у ф х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а б в
Д д е ж з и й к л м н о п р с т у ф х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а б в г
Е е ж з и й к л м н о п р с т у ф х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а б в г д
Ж ж з и й к л м н о п р с т у ф х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а б в г д е
З з и й к л м н о п р с т у ф х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а б в г д е ж
И и й к л м н о п р с т у ф х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а б в г д е ж з
Й й к л м н о п р с т у ф х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а б в г д е ж з и
К к л м н о п р с т у ф х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а б в г д е ж з и й
Л л м н о п р с т у ф х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а б в г д е ж з и й к
М м н о п р с т у ф х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а б в г д е ж з и й к л
Н н о п р с т у ф х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а б в г д е ж з и й к л м
О о п р с т у ф х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а б в г д е ж з и й к л м н
П п р с т у ф х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а б в г д е ж з и й к л м н о
Р р с т у ф х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а б в г д е ж з и й к л м н о п
С с т у ф х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а б в г д е ж з и й к л м н о п р
Т т у ф х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а б в г д е ж з и й к л м н о п р с
У у ф х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а б в г д е ж з и й к л м н о п р с т
Ф ф х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а б в г д е ж з и й к л м н о п р с т у
Х х ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а б в г д е ж з и й к л м н о п р с т у ф
Ц ц ч ш щ ъ ы ь э ю я а б в г д е ж з и й к л м н о п р с т у ф х
Ч ч ш щ ъ ы ь э ю я а б в г д е ж з и й к л м н о п р с т у ф х ц
Ш ш щ ъ ы ь э ю я а б в г д е ж з и й к л м н о п р с т у ф х ц ч
Щ щ ъ ы ь э ю я а б в г д е ж з и й к л м н о п р с т у ф х ц ч ш
Ъ ъ ы ь э ю я а б в г д е ж з и й к л м н о п р с т у ф х ц ч ш щ
Ы ы ь э ю я а б в г д е ж з и й к л м н о п р с т у ф х ц ч ш щ ъ
Ь ь э ю я а б в г д е ж з и й к л м н о п р с т у ф х ц ч ш щ ъ ы
Э э ю я а б в г д е ж з и й к л м н о п р с т у ф х ц ч ш щ ъ ы ь