В первые годы управления князя Горчакова Министерством иностранных дел были сделаны некоторые изменения в устройстве канцелярии. Высочайше был утвержден новый штат канцелярии, затем в 1862 г. особая канцелярия (секретная экспедиция) была соединена с канцелярией. В это же время установлены были испытания способностей лиц, «поступающих на службу по министерству».
Следует отметить особо, что, принадлежа к наиболее широко образованному кругу лиц высшего света, князь Горчаков был весьма озабочен развитием отечественной исторической науки. В этой связи он нашел возможность открыть доступ ученым в Государственный и Московский главные архивы министерства, представляющие собой богатейшее собрание исторических документов и материалов. 19 января 1863 г. были высочайше утверждены правила для допуска ученых к занятиям в государственном архиве. Научная разработка всех его сокровищ была значительно облегчена разбором всех его дел, произведенным в 1864—1870 гг. директором архива К. И. Злобиным при содействии историка академика П. П. Пекарского. Благодаря их самоотверженному труду, разработанным ими классификациям и характеристикам документальных источников, нашедшим достойное продолжение в трудах всех последующих поколений работников этого архива, сегодня мы можем работать с грамотно разобранными и систематизированными бесценными историческими материалами.
В результате деятельности по обработке архива МИД еще в 1861—1862 гг. было осуществлено издание «Писем русских государей» в четырех томах, с 1880 г. начал издаваться «Сборник московского главного архива министерства». В 1874 г., почти через сто лет после указа императрицы Екатерины II 1779 г. об издании договоров России с иностранными державами, было начато обширное издание «Собрание трактатов и конвенций, заключенных Россией с иностранными державами». Рассмотрим вопрос о том, насколько обширна была сеть корреспондентов МИД, пользующихся шифрованной связью в рассматриваемый период.
В царствование императора Александра II установился обычай назначения послов при дворах великих держав. В Париж, Лондон, Константинополь, Вену стали прибывать только послы. В 1871 г. учреждено было посольство в Германии, а в 1876 г. — в Объединенной Италии.
В 60–70–х годах были учреждены постоянные представительства при дворах держав Дальнего Востока, Китая и Японии, а также в странах Балканского полуострова — Валахии, Молдавии, Румынии, Сербии, Черногории и в вассальной Болгарии. В этот же период назначен был дипломатический агент в Египет и учреждено несколько генеральных консульств: в Восточной Румелии, Эрзеруме и Салониках, а в начале 80–х годов — в Яссах.
В 1875 г. русских посольств за границей было пять: в Берлине, Вене, Константинополе, Лондоне и Париже; миссий — двадцать одна: в Афинах, Берне, Брюсселе, Вашингтоне, Веймаре, Гааге, Гамбурге, Дармштадте, Дрездене, Иеддо, Карлсруэ, Копенгагене, Лиссабоне, Мадриде, Мюнхене, Пекине, Риме, Рио–де–Жанейро, Стокгольме, Тегеране и Штутгарте. Существовало также двадцать шесть генеральных консульств, сорок три консульства и семь вице–консульств.
Еще с 18 мая 1880 г., вследствие болезни светлейшего князя Горчакова, Министерством иностранных дел начинает управлять статс–секретарь Николай Карлович Гирс. До этого он последовательно занимал должности генерального консула в Египте (1856–1858), в Молдавии и Валахии (1858–1863) и в Стокгольме (1872—1875). 2 декабря он был назначен товарищем министра иностранных дел и сенатором и одновременно управляющим азиатским департаментом министерства. 28 марта 1882 г. Гирс назначается министром иностранных дел.
Руководящие начала внешней политики царствования императора Александра III были выражены в циркулярном шифрованном сообщении русским представителям при дворах иностранных держав 4 марта 1881 г., в котором говорилось: «Вступая на прародительский престол, Государь Император наследует предания, освященные временем, деяниями предшественников, трудами, кровью поколений, создавших Русское государство… Россия… ныне достигла своего естественного развития; ей нечего желать, нечего домогаться от кого бы то ни было; ей остается лишь упрочивать свое положение, охранять себя от внешней опасности и развивать внутренние силы, нравственные и вещественные, накопляя запасы средств и умножая свое благосостояние…»
В рескрипте на имя Н. К. Гирса от 18 мая 1883 г. было заявлено, что «мирное развитие сил России должно составить исключительный предмет государственных интересов…»
По указу императора Александра III принятый издавна в политической переписке французский язык был заменен с 1887 г. русским, за исключением тех случаев, когда дипломатические представители сообщали о словесных или письменных переговорах с иностранными министрами, происходивших на французском языке. Между центральным управлением министерства и посольствами и миссиями были установлены с 1888 г. регулярные срочные курьерские сообщения.