Возникли новые, подчас экстремистские секты. Некоторые священнослужители и прихожане отказывались принять компромиссы Сергия или даже Тихона и оставались на непримиримых позициях, которые первоначально занимал Тихон. Их вождь (находившийся в тюрьме), митрополит ленинградский Иосиф, один из назначенных преемников Тихона, отказался пойти на компромисс с властями. Это и другие подпольные движения пополнили свои ряды новыми сторонниками во время репрессий 1930-х гг. Как правило, все они фанатично отвергали все стороны советской системы, которую считали делом рук Антихриста. кое-кто удалился в заброшенные в сибирских или северных лесах скиты, чтобы там избежать соприкосновения с советской властью и дождаться Судного дня, который, как они верили, был уже близок.
Начавшаяся в 1941 г. война вызвала резкое изменение официальной религиозной политики. За одну ночь немецкое вторжение превратило Русскую Православную церковь в приверженца режима. В самом начале церковь опубликовала воззвания, поддерживающие борьбу Советов с фашистами и призывающие молиться за победу советского оружия. Священнослужители и прихожане собирали деньги на танковую колонну, получившую имя средневекового русского князя Дмитрия Донского. Состоялась торжественная церемония передачи колонны Красной Армии. Митрополит Николай говорил о священной ненависти к фашистским разбойникам и назвал Сталина “нашим общим отцом”.
Со временем Сталин решил придать таким отношениям с церковью регулярный характер, возможно, осознав, что поддержка с ее стороны может пригодиться в налаживании послевоенных отношений с населением Восточной и Центральной Европы. Как бы то ни было, но в сентябре 1943 г. он разрешил восстановить патриархат. Сергий, естественный кандидат на эту роль, скончался в 1944 г., но на следующий год был созван Собор, который избрал преемником Сергия митрополита ленинградского Алексия. Так с помощью государства была восстановлена чисто церковная администрация. В то же время были созданы несколько семинарий и три духовные академии для подготовки священнослужителей. Много храмов было разрешено вновь использовать для богослужения — по некоторым подсчетам, их количество достигало 20000 — половина действовавших в 1917 г.
Было бы неверно воспринимать эту неожиданную терпимость как абсолютное согласие между церковью и государством. Полное подчинение церкви государству осталось прежним, разве только оно приняло более мягкие формы. Государство создало специальный Комитет по делам религий, чьи представители осуществляли надзор над церковью в каждом уголке страны, и от чьего недреманного ока не могли укрыться ни одна епархия или приход. Первый председатель этого комитета Г. Г. Карпов получил шутливую кличку Наркомбог или даже Наркомопиум! Наиболее примечательным фактом биографии “Наркомбога” было то, что вся его предшествующая деятельность связана с НКВД. Из чего можно заключить, что священники и епископы стали частью номенклатурной системы. Религиозный диссидент Анатолий Левитин очень точно определил этот порядок как “консервативную церковь в консервативном государстве”.
В отличие от Православной церкви баптисты первоначально даже выиграли от установления советской власти. Репрессии, которым подвергало их царское правительство, прекратились, и в течение некоторого времени Советы относились даже терпимо к религиозным сельскохозяйственным коммунам, которые организовывали баптисты. Первым серьезным ударом стал декрет от 1929 г., запрещавший проповедь Евангелия, а это одна из основных обязанностей баптистов. Начались аресты. Но все же баптисты во многих отношениях оказались лучше подготовленными к давлению со стороны советской власти, чем Православная церковь. Сопротивление репрессиям уже давно вошло у них в привычку. Баптистское духовенство всегда соединяло пастырскую деятельность со светским трудом. Паства устраивала в своих домах импровизированные воскресные школы и молитвенные собрания. Мораль баптистов — упорный труд, самодисциплина, трезвость, взаимопомощь — была близка официальной, той самой, которую коммунисты насаждали, но сами ей никогда не соответствовали. Баптисты могли привлечь к себе взращенных внутри новой системы молодых людей, но не питали решительно никаких иллюзий относительно возможности обратить в свою веру партийные массы. Наконец, помимо всего прочего, баптисты были церковью грамотных: они — и это отличало их от Православной церкви — очень большое значение придавали чтению Библии, что делало баптизм в высшей степени привлекательным для нового, уже грамотного рабочего класса. Баптизм был чрезвычайно популярен в промышленных городах Украины, Урала и Сибири, а также среди русского населения Кавказа и Средней Азии. Эти территории были относительно недавно присоединены к России, и потому позиции православия были там не столь сильны.
Баптисты проявили себя во время войны как пламенные патриоты, и потому Сталин признал их, придав баптистской церкви устройство, схожее с тем, которое получила Русская Православная церковь.