Основным среди них был страх, что ослабление цензуры и либерализация политической жизни в целом приведёт к тому, что «контрреволюционные силы» получат постоянную поддержку. Советское руководство было ошеломлено и оскорблено тем, что совершенно бесконтрольно существовали группы с собственными политическими программами, а равно и возможным возрождением некоммунистических политических партий. Они не понимали, как в таких условиях можно сохранить «руководящую роль партии». Их коробило от факта публикации в чехословацкой прессе заявлений вроде «2000 слов». Они понимали, как вдохновит их собственных, советских диссидентов то направление, в котором разворачивались чехословацкие события. Их пугал тот пример, который давала демократизированная и федерализированная Чехословацкая коммунистическая партия. Пётр Шелест, лидер Украинской коммунистической партии, возможно, готов был сделать некоторые уступки националистам своей республики, но не хотел терять связей с Москвой, которая давала ему власть. Он был одним из самых горячих сторонников вторжения в Чехословакию.
Момент, избранный для начала интервенции, оставляет мало сомнений в том, что преследовалась цель опередить события и персональные перестановки в чешском руководстве, которые могли произойти на съезде Чехословацкой коммунистической партии. Он должен был состояться в сентябре. Большинство членов «старой гвардии», которым Москва доверяла, несомненно, утратили бы свои посты. Их заменили бы приверженцы реформ, которые сделали бы эти процессы необратимыми.
В сентябре «Правда» сделала заявление, оправдывающее вторжение. В нём подтверждался провозглашённый Хрущёвым принцип, что «каждый народ идёт к социализму собственным путём», но жёстко ограничивалась свобода выбора такого пути — он не должен был угрожать социализму в самой стране, основополагающим интересам других социалистических государств и международному рабочему движению, борющемуся за социализм. Из этого вытекало, что, если подобная угроза возникнет, прочие социалистические страны имеют право и обязаны вторгнуться в такое государство и устранить эту угрозу силой.
Усиленной критике в советских средствах массовой информации подвергся Ота Шик, заместитель премьер-министра Чехословакии. Он был архитектором экономической реформы, предполагавшей децентрализацию управления экономикой, использование цифр дохода в качестве важнейшего планового показателя и лишение неэффективных фирм постоянных государственных дотаций. Целью этих изменений было повышение производительности и побуждение предприятий более чутко относиться к нуждам потребителей. Это было похоже на те реформы, которые в Советском Союзе в 1965 г. начал Косыгин, но гораздо радикальнее. Больше всего, однако, советское руководство было обеспокоено тем, что, помимо прочих политических следствий этих реформ, Чехословацкая коммунистическая партия, в отличие от КПСС, изучала их всесторонне и без всяких ограничений. На заводах полным ходом шёл эксперимент, дававший рабочим возможность принять более деятельное участие в управлении производством. Поскольку теперь плохо работавшие предприятия могли быть закрыты, у рабочих был прямой интерес не допустить этого.
Совершенно очевидно, что именно чехословацкие события стали причиной того, что реформа Косыгина, так и не успев как следует начаться, была потихоньку свёрнута в течение 1968 г. и после него. Правда, официально об отказе от неё не объявлялось.
Как и в Венгрии в 1956 г., именно рабочие оказали наиболее серьёзное сопротивление советской оккупации. Рабочие завода ЧКД, расположенного в пригороде Праги Высочаны, пригласили делегатов XIV съезда ЧКП заседать в своих помещениях (вторжение опередило начало его работы). Это и было сделано. Съезд работал втайне — что говорит о большой изобретательности его участников. В своей резолюции съезд осудил оккупацию, оставил Дубчека на посту первого секретаря и для оказания ему поддержки избрал Центральный комитет, состоявший из одних реформистов. Скованный условиями навязанного советским руководством договора, Дубчек, однако, был вынужден дезавуировать решения съезда.