Протест князей Церкви был удовлетворен Папской курией. Папа заставил Дом Святой Марии Тевтонской в Ливонии признать, по примеру прежних меченосцев, свою ленную зависимость от рижского архиепископа. Более того! В соответствии с установившейся со времен меченосцев традицией, рижский архиепископ отныне получал 1/3, а орден Девы Марии лишь
Взаимные претензии между церковными и орденскими властями в этом и других вопросах послужили основной причиной длительных и многочисленных конфликтов между христианами в Прибалтийском крае, вылившихся в конце концов в форменную «войну всех против всех» и полное отсутствие внутриполитической стабильности в данном регионе, что ослабляло его перед лицом внешней угрозы. В ходе христианизации и освоения прибалтийских земель к XVI в. на территории будущих Эстляндской, Курляндской и Лифляндской губерний Российской империи сложился целый ряд вполне самостоятельных духовных княжеств:
1) архиепископство Рижское;
2) епископство Дерптское (Дерпт=Юрьев=Тарту);
3) епископство Эзель-Викское (Эзель=остров Сааремаа);
4) епископство Курляндско-Пильтенское,
которым фактические противостоял Дом Пресвятой Девы Марии Тевтонской в Ливонии. Каждое из этих феодальных минигосударств имело свои знамена, печати и эмблемы. Самым обширным из государственных образований в Ливонии (как обычно обобщенно именовалась вся Восточная Прибалтика) был местный филиал Тевтонского орденского государства, пользовавшийся наибольшей самостоятельностью и наибольшим влиянием во всем Балтийском крае.
Если во времена ордена меченосцев носителем высшей власти на христианизированных прибалтийских землях считался рижский епископ, то после включения остатков этого ордена в состав Тевтонского орденского государства положение кардинальным образом изменилось. В 1226 г. тевтонский верховный магистр Герман фон Зальца получил от римско-германского императора Фридриха II Гогенштауфена грамоту на владение Пруссией (еще не завоеванной) и «всех других земель, которые ордену удастся, с Божьей помощью, завоевать». А в 1234 г. папа римский Григорий IX официально взял все владения Тевтонского ордена под защиту папского престола. Вероятно, имелись в виду орденские владения тевтонов в Пруссии.
Но после распространения власти Тевтонского ордена на бывшие владения меченосцев в Ливонии, гохмейстеры тевтонов стали истолковывать содержание папской грамоты «расширительно», утверждая, что и орденские земли в Ливонии также попадают под юрисдикцию папских грамот. Рижская епископская кафедра, разумеется, никак не могла согласиться с подобным «расширительным» толкованием и вступила с орденом в ожесточенную борьбу, бомбардируя Рим непрерывными жалобами на дерзость, наглость и самоуправство тевтонских рыцарей. В этой борьбе папский престол старался лавировать, не принимая однозначно сторону ни того ни другого жалобщика.
В 1245 г. рижский (упорно именовавший себя на печатях и в документах «ливонским»!) архиепископ был возведен папой в сан «архиепископа Ливонского, Эстонского и Прусского» (а в 1255 г. дополнительно утвержден палой в сане архиепископа Рижского). Но это «повышение» нисколько не снизило накала борьбы за лидерство в регионе. В 1347 г. Дом Святой Марии Тевтонской в Ливонии был — папской буллой! — освобожден от всякой ленной зависимости от рижского архиепископа. А с конца XIV в. он — параллельно с общим усилением Тевтонского ордена, достигшего пика своего могущества в Пруссии и Прибалтике, — стал фактически хозяином и вершителем судеб всего Прибалтийского края (хотя рижская кафедра, по старой памяти, еще долго оказывала сопротивление непомерно возраставшему могуществу тевтонов). Со временем руководство ордена Девы Марии в Ливонии добилось положения, при котором даже епископы в соседние (не орденские!) епархии назначались только из числа тевтонских братьев-священников (это называлось «инкорпорацией»).
С момента присоединения остатков Ливонского ордена меченосцев к Тевтонскому ордену и до окончательного раздела ливонских владений ордена Девы Марии между Швецией и Польско-Литовским государством (Речью Посполитой) во второй половине XVI в. в Ливонии сменилось 9 ландмейстеров и 10 ландмаршалов (исполнявших в лифляндских владениях Тевтонского ордена функцию заместителя магистра, или вицемагистра, выполнявшуюся в прусских владениях ордена Девы Марии великими комтурами).
Ландмейстер ливонских тевтонов носил на шее, как знак своей должности, особую цепь, к которой был подвешен украшенный разноцветной эмалью золотой образ покровительницы Тевтонского ордена — Пресвятой Богородицы с Богомладенцем Иисусом на руках, причем основанием престола