В Чехии свободное и единогласное избрание Фердинанда I в 1526 г. не привело к началу ни гражданской войны, ни иностранного вторжения. Поэтому королевство осталось неразделенным, мир в нем не был потревожен почти на протяжении 100 лет, а власть Габсбургов хорошо упрочилась. Однако немедленно возникла спорная проблема. Это было типично для напряженных отношений между королем и сословиями. Король, как супруг Анны, сестры последнего правителя Чехии из рода Ягеллонов, настаивал на своих наследных правах, тогда как сословия считали королевский пост выборным, как и большинство венгров, и находились в гораздо лучшем положении, чем венгры, чтобы защищать устройство своего королевства. Фердинанду I удалось добиться признания своих наследных прав на не принадлежащих Чехии землях короны святого Вацлава в Моравии, Силезии и Лужице, где немецкое население играло более важную роль, чем в собственно Чехии. Здесь, в центре страны, оппозиция была гораздо сильнее, но в 1547 г. Пражский сейм был вынужден признать толкование Фердинандом того, что его супруга была признана сословиями наследницей. По этому же случаю сейму также пришлось принять ограничивающие его власть новые законы, отдав практически в руки одного короля назначение чиновников и судей.
Еще более опасным для автономии Чехии было создание Фердинандом I центральных органов управления для всех владений Габсбургов. Эти новые органы – Тайный совет и Военный совет – находились, разумеется, в Вене, в то время как Чехия сохранила лишь своих собственных канцлеров в Праге и свои собственные суды.
Еще больше, чем в Венгрии, эти ограничения политических прав были связаны с религиозными проблемами века Реформации. В Чехии гуситское движение было еще живо благодаря «Чешским (Богемским, Моравским) братьям» – хорошо организованной религиозной группе. И в то время как в XV в. антипапское движение в Чехии было также еще и антинемецким, теперь, несмотря на национальные различия, там возникло сочувствие немецкому лютеранству, которое способствовало распространению Реформации в новом королевстве Фердинанда. Так как он вместе со своим братом, императором Карлом V, был главным защитником католичества, в Чехии, как и в Венгрии, дело политической свободы и дело религиозной свободы были тесно связаны друг с другом. Более того, ввиду того, что так называемая Шмалькальденская война против протестантских князей в Германии велась вблизи границ Чехии, она имела там серьезные последствия, так как сословия, симпатизировавшие Шмалькальденскому союзу, выступали против любого участия армии Чехии в войне против этого союза и даже сформировали аналогичный союз в Чехии. Это движение распалось. Немецкие протестанты потерпели поражение в битве при Мюльберге в 1547 г., так что война не дошла до Чехии. Но после своей победы Фердинанд I ухватился за возможность совершить ответные действия, направленные против городов, которые ранее были столь могущественными. Некоторые предводители знати также были наказаны, а «Чешские братья» – изгнаны.
Лишь небольшое их число осталось в Чехии, где они находились под сильным давлением с целью вернуть их в католическую веру. Последние остатки утраквистов присоединились к лютеранам, и «компактаты», которые когда-то примирили это умеренное крыло гуситского движения с Римом, полностью утратили свое значение и в конечном счете были отозваны по просьбе сословий. В Чехии практически не было религиозного преследования при Фердинанде I, а еще меньше – при Максимилиане II, который был признан королем еще при жизни своего отца. Этот второй Габсбург, который правил в Чехии, проявил там, как и в Германии, некоторое сочувствие протестантскому движению и в 1575 г. даже разрешил собранию представителей сословий составить проект совместного признания новых конфессий. Но этот проект никого не удовлетворил, и религиозная ситуация в стране была уже очень напряженной, когда на следующий год Рудольф II стал преемником своего отца и тоже был принят как будущий король еще до его смерти.
Вскоре Рудольф сделал Прагу местом своей постоянной резиденции и благодаря его глубоким интеллектуальным интересам смог бы снова сделать столицу Чехии важным культурным центром, если бы не усиливающаяся душевная болезнь, которая заставила его пренебрегать всеми общественными делами не только в Чехии, но и империи и других владениях Габсбургов. В последовавшем конфликте со своим братом Матвеем Рудольф получил поддержку собрания представителей сословий Чехии, за что ему пришлось заплатить гарантией свободы вероисповедания в «Грамоте Величества» от 1609 г. Но так как два года спустя он был свергнут Матвеем (Матьяшем), то запутанная ситуация в Чехии быстро привела к восстанию, с которого началась Тридцатилетняя война.