Иоанн Кантакузин мог бы с легкостью парировать этот довод: император не назначал регентом своего великого доместика, поскольку они во всех походах были вместе. Однако Кантакузина намного больше беспокоил другой его бывший протеже, Алексей Апокавк. Выскочка-авантюрист темного происхождения, Апокавк был одним из главных сторонников Андроника III во время борьбы последнего со своим дедом. Еще с тех пор Алексей начал демонстративно выказывать услужливость и преданность Иоанну, благодаря ему Апокавк стал дукой (командующим) флота. После кончины Андроника Алексей настоятельно советовал своему покровителю принять корону; Иоанн, однако, оставался непреклонен: его долгом было служить Палеологам. И тогда Апокавк начал обдумывать собственный план захвата власти в империи, в то время как Анна Савойская, патриарх и великий доместик приступили к переговорам — очень непростым для каждого из них — о ближайшем будущем Византии.
Но смерть василевса всегда служила неприятелям знаком к началу агрессивных действий. И вскоре три главных врага Византии были уже на марше: сербы двинулись на Фессалоники, болгары скопились на северной границе, а османские турки занялись разграблением фракийского побережья. Иоанну пришлось рекрутировать войска за собственный счет. Порядок был восстановлен, и удалось подписать мирные договоры со Стефаном Душаном, Иваном Александром и эмиром Орханом. А из Морей прибыла делегация с предложениями условий сдачи византийцам Ахейского княжества.
Однако во время вынужденного отсутствия Иоанна в столице его враги нанесли удар. Вдохновляемая Апокавком, императрицей Анной и патриархом толпа двинулась на дворец, разграбила его и сожгла дотла. Патриарх провозгласил себя регентом, тогда как Апокавк назначил себя префектом города. Семью Иоанна поместили под домашний арест, а сам он был немедленно освобожден от командования армией.
Но оказалось, что заговорщики зашли слишком далеко. Вся армия до единого человека поддержала Иоанна и 26 октября 1341 г. провозгласила его василевсом. Сам он продолжал настаивать на том, что юный Иоанн, даже не будучи надлежащим образом коронован, оставался законным императором и нет оснований сомневаться в искренности слов Кантакузина. Однако фактом оставалось то, что он был провозглашен правителем своей армией — по овеянной веками традиции. И поскольку было совершенно очевидно, что его не признает нынешний режим в Константинополе, гражданская война представлялась неизбежной. Через несколько дней после инвеституры Кантакузина пришло сообщение о его отлучении от церкви патриархом, а 19 ноября Иоанна V Палеолога надлежащим образом короновали в соборе Св. Софии. Диспозиции сторон были обозначены.
И диспозиция Кантакузина оказалась далеко не выигрышной. На протяжении ряда лет ширилась расщелина, разделявшая простой народ и аристократию. Когда враги Византии начали наступать и беженцы хлынули в столицу, положение бедных стало еще более ужасным и Алексей Апокавк, впервые возблагодаривший судьбу за свое низкое происхождение, смог теперь выставить себя защитником обездоленных — против привилегированных классов. Зараза начала быстро распространяться. В Адрианополе народная коммуна захватила власть от имени регентства, и Апокавк официально признал ее, направив туда собственного сына Мануила в качестве своего представителя. Через несколько недель уже вся Фракия поднялась с оружием, представители землевладельческих классов либо попрятались, либо стремительно бежали. В Фессалониках власть захватила экстремистская антиаристократическая партия, именовавшая себя зилотами (от греческого «зелотес» — «ревнитель»), и на протяжении следующих семи лет там царствовал террор. Иоанн Кантакузин, объявленный вне закона, отлученный от церкви и заклейменный как враг народа, был близок к отчаянию. Само его имя стало использоваться как символ эксплуатации бедных богатыми — тогда как против подобной дискриминации он боролся на протяжении всей своей сознательной жизни.
Иоанн очень нуждался в союзниках. Он отправил срочное послание своему старому другу Умуру, но поскольку эмир находился далеко, Кантакузин обратился за помощью к королю Стефану Душану. Они встретились в июле 1342 г. вблизи Скопье. Стефан, радостный оттого, что у него появилась возможность использовать к своей вящей выгоде свалившиеся на империю несчастья, охотно согласился оказать Иоанну поддержку. Благодаря сербам Кантакузину удалось продержаться на плаву до конца 1342 г. А незадолго до Рождества он услышал о том, что на подходе Умур. Течение начало постепенно менять свое направление. Зимой 1342/43 г. провинция Фессалия высказалась в поддержку Иоанна, а в начале весны ему согласилась подчиниться Македония. Серьезно встревожившийся Апокавк прибыл в Фессалоники со своим флотом, но, когда на горизонте появилась флотилия Умура, насчитывавшая около 200 кораблей, спешно покинул город.