Поэтому в отличие от расхожих суждений поражение при Манзикерте не было военной катастрофой и не повлекло за собой полного разрушения Восточной армии. Большая ее часть сумела в порядке отойти с поля боя с относительно небольшими потерями и разными маршрутами достигла безопасных мест. Реальным бедствием для страны стали политические последствия сражения.
Известие о пленении византийского императора громоподобным эхом прокатилось по всему Ближнему Востоку, болезненно затронув всеобщее представление о Ромейской империи как об извечном незыблемом могуществе. Вызванный им переворот в сознании людей имел необратимые последствия. К тому же истоку восходит начало гражданской войны, истощившей людские и материальные ресурсы обеих сторон и оставившей Малую Азию незащищенной от непрерывных туркменских набегов, которые даже сам Арслан был бессилен предотвратить. В ходе междоусобной борьбы вооруженные силы Восточной Римской империи понесли такие потери, которые им никогда не наносили никакие внешние враги.
Гражданские войны, полыхавшие в истории империи с начала 1070-х гг. вплоть до вступления на трон Алексея I в 1081 г., вызвали серьезную эрозию военной мощи государства. Когда Алексей захватил власть, он унаследовал маленькую, но эффективную армию, навербованную в царствования предыдущих императоров — Михаила VII (1071–1078) и Никифора III (1078–1081). Она была составлена из невизантийских наемников (турок, франков и варангов), гвардейского корпуса (экскубиторов, анатолийцев и вестиариев) и территориальных войск из Фракии и Македонии. Традиционно ромеям поставляли солдат отдельные этнические группы, вроде павликиан на Балканах и вардарских турок, общей численностью не более 20 000 человек. Большая часть этих войск была потеряна в первые годы царствования Алексея, после поражений от норманнов (при Диррахии в 1081 г.) и от печенегов в 1089–1090 гг. Армия, которую он собрал в 1089 г., состояла из личной гвардии, отряда из 500 фламандских рыцарей, рекрутированных крестьян и новой части архонтопулов в 2000 бойцов, в которую набирали сыновей отслуживших солдат. После разгрома и этих сил, к зиме 1090 г. император смог собрать только 500 человек. Дошло до того, что войска империи на какой-то момент были представлены, с одной стороны, частями наемников, с другой — формированиями из слуг или членов свиты дальних родственников императора и знати. После разгрома печенегов под Лебонионом в 1091 г. Алексей завербовал недобитых соперников, которые впредь составляли хребет имперских армий. Не считая этого воинства, из-за постоянной нехватки средств императору не на кого было рассчитывать, кроме отрядов провинциальной городской милиции и слуг местных аристократов и чиновников.
В 1078 г. Никифор Вриенний восстал против императора Михаила VII Дуки, захватившего трон после поражения Романа IV при Манзикерте. Однако неспособность Михаила усмирить своих соперников скоро лишила его трона. В марте 1078 г. на престол вступил Никифор III Вотаниат, способный и удачливый полководец, которому, однако, серьезно не хватало войск. Вести борьбу против Вриенния Никифор III поручил тонкому стратегу и тактику Алексею Комнину и назначил его главнокомандующим всех полевых армий империи.
Вриенний выступил из своей главной базы в Диррахии на албанском побережье и пересек Южные Балканы по Виа Эгнатиа, попутно ведя активную вербовку, что позволило ему довести численность армии до 12 000 человек — по большей части преданных своему вождю и испытанных в боях ветеранов. Войдя с триумфом в свой родной город Адрианополь, Вриенний короновался. Жребий был брошен. Выступая в поход против мятежника, Алексей имел лишь нескольких сотен франкской тяжелой конницы, 2000 турок, присланных союзными анатолийскими эмирами, и из Малой Азии пришло еще около 2000 бойцов. К ним добавились недавно сформированные части «бессмертных» (не связанные с войсками того же названия, созданными Иоанном Цимисхием столетием ранее) численностью до 1000 гвардейцев. Вся имперская армия состояла из 5500, самое большее — 6500 человек, по большей части новобранцев. Турецкий султан обещал подкрепление, но оно еще не подошло, когда император дал Алексею приказ выступать. Сам приказ не оставлял возможностей для разночтений: встретить Вриенния, разбить и отбросить. В таком положении единственный шанс Комнина был в завлечении врага в такую местность, где можно заранее устроить засаду. Как показал ход сражения, первоначальный план Алексея был неудачен и почти привел к поражению. Все же применив ту тактику, которой он должен был придерживаться с самого начала, и благодаря блестящему тактическому удару он сумел полностью изменить ход боя и закончить день громкой победой (см. карту 9).