По мере усиления мусульманского натиска на «франкские» государства Леванта все большее значение в деятельности членов ордена лазаритов стало приобретать участие в вооруженной обороне христианских владений. Соответственно все большую роль в ордене Св. Лазаря стал играть военно-рыцарский элемент. Рыцари, вступавшие в орден, не обязательно были прокаженными, но, видимо, постепенно заражались проказой, неся свою нелегкую воинскую службу в его рядах, а в перерывах между боями и походами ухаживая за больными. В ордене Св. Лазаря состояли и услужающие братья (сервиенты или сержанты), набиравшиеся из числа прокаженных неблагородного происхождения. Рыцари Св. Лазаря облачались в черные плащи-мантии с белой каймой и зеленым крестом (принявшим со временем характерную «мальтийскую» форму с «ласточкиными хвостами» на концах креста) и потому нередко именовались в хрониках и документах рыцарями Зеленого Креста – наряду с рыцарями Белого Креста (госпитальерами-иоаннитами, рыцарями Красного Креста (храмовниками-тамплиерами) и рыцарями Черного Креста (тевтонскими, или немецкими, рыцарями). Хотя исторически рыцари ордена Св. Лазаря носили свои зеленые кресты на черных «августинских» (или «бенедиктинских») облачениях, со временем, по мере развития правил геральдики (с принятием запрета накладывать металл на металл и эмаль на эмаль), на орденском гербе лазаритов зеленый крест стал изображаться не на черном, а на белом (серебряном) поле.
Как уже упоминалось выше, по соглашению, заключенному между орденом Св. Лазаря и другими военно-монашескими орденами, члены последних, заболевшие проказой, переходили в состав лазаритов (глава которых – Великий Магистр – по Уставу мог быть избран только из числа прокаженных; впрочем, подобное правило существовало не всегда и со временем было отменено). Как бы то ни было, хронистами было неоднократно засвидетельствовано, что когда мусульмане в бою встречались с колонной прокаженных рыцарей и сержантов ордена Св. Лазаря, то предпочитали искать спасения в бегстве.
Воинский контингент ордена Св. Лазаря принимал участие в неудачной для армии Иерусалимского королевства крестоносцев битве с армией султана Египта и Сирии Саладина при Хиттине (1187 г.). До нас также дошли сведения об участии вооруженного отряда лазаритов в неудачной для «латинян» битве при Газе (1244 г.), в которой орден Св. Лазаря понес тяжелые потери. После падения Иерусалима в 1243 г. орден Св. Лазаря перенес свою штаб-квартиру в Аккон, разместив ее в башне Св. Лазаря, расположенной в северном пригороде Аккона – Монмусарде, оборона которого была поручена лазаритам.
В 1253 г. орден лазаритов совершил неудачную военную экспедицию против мусульман в городе Рамле (Рамаллахе) и был спасен от полного уничтожения только благодаря вмешательству французского короля-крестоносца Людовика IX Святого.
Все братья-рыцари ордена Св. Лазаря, участвовавшие в обороне Аккона от мусульман, погибли при взятии этого последнего оплота крестоносцев на побережье Святой земли сарацинами в 1291 г.
В 1291 г., после падения Сен-Жан д’Акра – последней крепости крестоносцев в Палестине – орден Св. Лазаря был вынужден навсегда покинуть Святую землю и перебраться сперва на остров Кипр, а затем – в Королевство Обеих Сицилий (Неаполитанско-Сицилийское королевство) и во Францию, где лазариты основали множество госпиталей и лазаретов. К этому времени лазариты полностью прекратили свою военную деятельность, продолжая нести свое госпитальерское служение вплоть до 1342 г. Со временем, вследствие уменьшения численности кавалеров и монахов, орден Св. Лазаря был вынужден в 1490 г. подчиниться духовно-рыцарскому ордену Св. Иоанна (влившись со временем в его католическую ветвь, ныне более известную под названием Мальтийского ордена).
Тем не менее 4 мая 1565 г. папа римский Пий IV восстановил правовую и организационную самостоятельность ордена Св. Лазаря. Однако назначенному новым Великим Магистром лазаритов двоюродному брату римского понтифика, Джаннотто Кастильоне, не удалось восстановить прежнюю орденскую структуру, а в 1572 г. герцог Савойский Амедей добился от него признания своего сюзеренитета (верховной светской власти) над командорствами ордена Св. Лазаря, существовавшими во владениях герцогов Савойских.
С давних времен небесным заступником и покровителем Савойской династии (первоначально – герцогской, а потом и королевской) считался Св. мученик Маврикий – древнеримский военачальник, предводитель Фиванского легиона, претерпевший мученическую кончину за Христа в 286 г., в период преследований христиан императором Диоклетианом. Меч Св. Маврикия, наряду со Святым копьем сотника Лонгина, относился к числу древнейших и главнейших святынь и коронационных инсигний (державных клейнодов) средневековой Священной Римской империи.