С 14 апреля, когда англичане оказались отрезанными от главных сил греческой армии, война потеряла для них всякий смысл. Теперь они думали только о том, чтобы избежать уничтожения. Не считая усиленного танкового полка и частей австралийской дивизии, которые вели совместные действия в районе юго-восточнее Флорины и после прорыва немцев своевременно присоединились к западному флангу своих главных сил южнее Козани, экспедиционный корпус до сих пор не вступал в бой. 15 апреля английский командующий генерал Уилсон решил отвести свои войска дальше на юг на новую позицию, которая правым флангом в районе Фермопил примыкала к заливу Аталандис, а левым флангом в районе Эратини – к Коринфскому заливу. На этом предмостном укреплении северо-западнее портов Аттики должен был прикрываться отход английских войск для погрузки на суда. Решение о погрузке приняли после того, как с генералом Папагосом было согласовано, что английская армия покинет Грецию, чтобы избавить страну от дальнейшего опустошения. Промежуточная позиция была намечена у реки Пеней по обе стороны от Ларисы. Для обеспечения отхода английских войск у горы Олимп были оставлены арьергарды, которые должны были сдерживать сильный натиск немецких соединений. Немецкие танки, задержанные разрушениями, произведенными англичанами, и имевшие в районе между Пиндом и Эгейским морем ограниченную свободу маневра, тщетно пытались охватить фланги отступавших англичан. Действия немецкой авиации в эти дни были затруднены очень изменчивой погодой и не смогли серьезно воспрепятствовать отступлению англичан. 20 апреля преследовавшие англичан немецкие соединения находились перед сильно укрепленной позицией Фермопилы и в районе порта Волос, откуда первые английские части были уже эвакуированы. Чтобы избежать фронтального наступления на Фермопилы, немецкие войска быстро переправились на остров Эвбея, с целью в районе Халкиды снова переправиться на полуостров и обойти англичан с тыла. Это наступление, хотя оно и воспрепятствовало запланированной погрузке англичан на острове Эвбея, было ненужным, поскольку Фермопилы, удерживаемые только английским арьергардом, 24 апреля были взяты немецкими горными стрелками. В ходе быстрого преследования немецкие подвижные соединения 27 апреля достигли Коринфского залива и в тот же день вступили в Афины. Погрузка английских войск на суда началась уже в ночь на 24 апреля. Поскольку портовые сооружения, особенно в Пирее, были сильно разрушены немецкой авиацией и к тому же немецкие самолеты вели постоянное наблюдение за всеми портами, англичанам пришлось производить погрузку на открытом побережье. Если количество эвакуируемых здесь соединений было значительно меньше, чем в Дюнкерке, то зато не было и никакого существенного прикрытия истребителями. В Греции англичане вели погрузку в трудных условиях при абсолютном господстве немецкой авиации и вынуждены были ограничиваться короткими ночными часами.
Местами погрузки вначале служили маленькие рыбачьи стоянки у восточного побережья Аттики и в Сароническом заливе, а когда Коринфский залив был блокирован парашютистами – только порт Навплион на восточном побережье и Монемвасия и Каламе на юге Пелопоннеса. После того как все оставляемое тяжелое вооружение было уничтожено или приведено в негодность, части перебрасывались по железной дороге или автотранспортом на сборные пункты, находившиеся неподалеку от мест погрузки. Эвакуация войск продолжалась подряд пять ночей. Александрийская эскадра выделила для обеспечения эвакуации все легкие силы, в том числе шесть крейсеров и девятнадцать эскадренных миноносцев. В две первые ночи удалось эвакуировать 17 тыс. человек. Дальнейшая погрузка производилась при сильнейшем натиске немецких войск. В районе Навплиона англичане понесли тяжелые потери в людях, много судов было потоплено. Один транспорт задержался слишком долго, чтобы забрать как можно больше людей, и на рассвете подвергся атаке немецких самолетов. Судно затонуло. Двух подоспевших эскадренных миноносцев, которые приняли на борт большую часть людей с транспорта, через несколько часов постигла та же участь. Под конец погрузка на суда производилась только на крайнем юге. В районе Каламе немецким передовым отрядам даже удалось захватить в плен 5 тыс. человек, которых англичане уже не успели эвакуировать. Но в общей сложности из 62 тыс. англичан погрузились на суда 50 тыс., около 12 тыс. человек погибли или попали в плен. 20 судов было потеряно.