Действия подводных лодок в значительной степени дополнялись действиями надводных сил. Для них также решающее значение имело удобное расположение новых баз в Норвегии и Франции, откуда они могли достигнуть открытого океана гораздо скорее и незаметнее. Если их выход из базы оставался незамеченным английской воздушной разведкой, то требовались большие усилия английского флота, чтобы их обнаружить и воспрепятствовать дальнейшим действиям. В апреле и в июне 1940 г. пять вспомогательных крейсеров покинули немецкие порты и начали действовать в Атлантическом, Индийском и Тихом океанах. Они потопили до октября 1940 г. 36 судов общим тоннажем 225 тыс. брт. В конце октября «карманный» линкор «Адмирал Шеер» вышел в море в качестве рейдера. Шесть месяцев «Адмирал Шеер» не давал покоя английским торговым судам. Вначале он появился в Северной Атлантике, атаковал конвой и потопил шесть судов. Затем он повернул в Южную Атлантику, оттуда направился в Тихий океан и в апреле 1941 г., обогнув с севера Шетландские острова, благополучно возвратился на родину. Всего «Адмирал Шеер» потопил и захватил 17 английских или зафрахтованных англичанами судов общим тоннажем 113 тыс. брт. Английский флот был уже не в состоянии наряду с защитой конвоев и выполнением других своих задач выделить еще особые силы для борьбы с «Адмиралом Шеером». Теперь положение англичан стало гораздо труднее, чем год тому назад, когда против «Графа Шпее» могли быть созданы еще многочисленные поисково-ударные группы. Два коротких боевых похода совершил из Бреста крейсер «Хиппер». Он крейсировал вначале в центральной части Атлантики, а затем 25 декабря 1940 г. встретил в районе северо-восточнее Азорских островов караван судов, охраняемый двумя английскими крейсерами. Поскольку в его задачу не входило вступать в бой, он после короткой артиллерийской дуэли уклонился от дальнейшей борьбы и, уничтожив одно судно из состава этого конвоя, возвратился в Брест. Во время следующего похода 12 февраля 1941 г. крейсер встретил восточнее Азорских островов шедших без охраны 19 неприятельских судов, из которых он 7 потопил. Остальным судам, пользуясь сильным туманом, удалось уйти.
К концу 1940 г. англичане вынуждены были констатировать, что из всех их собственных и зафрахтованных союзных и нейтральных судов было потеряно 583 судна общим тоннажем почти 2,5 млн брт, то есть каждую неделю потери составляли в среднем почти 100 тыс. брт.
Возникшая летом 1940 г. новая обстановка в воздухе и на море имела для англичан еще и другие крайне тяжелые последствия. В связи с действиями немецкой авиации и угрозой со стороны немецких подводных лодок и торпедных катеров фактически были парализованы все порты на южном и восточном побережье Англии, в том числе особенно мощный порт Лондон, потому что потери торговых судов достигли огромных размеров. Поскольку Ирландия как нейтральное государство не предоставляла свои порты в распоряжение англичан, последние могли использовать только порты в Ирландском море в устьях рек Клайд и Мереей. Поэтому, когда суда подходили с океана и огибали с севера Ирландию, они неизбежно скапливались, что существенно облегчало задачу немецким подводным лодкам и самолетам. Немногочисленным портам пришлось дать нагрузку, намного превышавшую их пропускную способность. Это привело к тому, что суда разгружать не успевали и получались пробки. К тому же мощность железных дорог была недостаточной, чтобы быстро вывозить выгруженные грузы. В октябре срок разгрузки судов в портах Ливерпуль и Бристоль увеличился в два раза. Такая недостаточно быстрая разгрузка, а также сравнительно медленное движение при системе конвоев и отчасти длинные кружные пути сильно повысили время оборота судов. Имевшийся тоннаж в полной мере не использовался. Например, ввоз горючего сократился до двух третей потребного количества. Обстановка стала такой угрожающей, что в Англии начали подумывать о том, как бы путем экономического давления заставить Ирландию открыть свои порты. Однако эту мысль пришлось отбросить: англичане опасались, что Ирландия может отвергнуть их требования и предоставить свои порты Германии в качестве баз для немецких подводных лодок.
Новая обстановка на море и в воздухе сказывалась также и на каботажном плавании судов в проливе Ла-Манш и у восточного побережья Англии. Англия крайне нуждалась в каботажных перевозках, так как перегруженный железнодорожный транспорт не справлялся с возросшим объемом перевозок угля и других громоздких грузов. Немецкая авиация и торпедные катера причиняли каботажным судам, которые теперь тоже должны были охраняться военными кораблями и самолетами, такие тяжелые потери, что им пришлось наконец отказаться от плавания в дневное время. От этого опять-таки увеличилось время оборота судов. С помощью мощной противовоздушной обороны удалось значительно снизить активность немецкой авиации в дневные часы, но торпедные катера по-прежнему сильно мешали каботажным перевозкам, и борьба с ними стала особенно трудной.