Дальнейший период истории школы (1590–1620 гг.) богат столкновениями факультета с правительством по вопросу о назначении профессоров. На открывшуюся вакансию профессора герцог Людвиг назначил своего стипендиата Гейльброннера. Это назначение не нравилось университетскому сенату (совету), потому что Гейльброннер возбуждал какие-то сомнения и недоразумения. Между университетом и правительством возникают препирательства, результатом которых было то, что этот кандидат был устранен. Длинную историю вызвало другое герцогское назначение. В то время когда на богословском факультете был полный комплект профессоров, но никто между ними не носил достоинства канцлера (должность вроде ректора наших Академий), герцог вдруг назначает в эту должность аббата Андрея Озиандера. Вследствие этого четвертый из наличных профессоров оказался за штатом (всех профессоров, включая и канцлера, который тоже был профессором, по штату полагалось четыре). Возникло затруднение. Младший из профессоров выходит в отставку. Но этим дело не ограничилось. Так как по штату было три профессора ординарных и один экстраординарный, то, по выходе в отставку младшего, экстраординарного, один из ординарных профессоров должен был перейти на вакансию экстраординарного; кроме того, должна была произойти перетасовка в самом преподавании наук, ибо с должностью канцлера соединено было преподавание определенных наук, и потому один из профессоров должен был уступить новому канцлеру свои предметы преподавания. Само собой понятно, что профессор, переходящий на должность экстраординарного, должен был терпеть и материальный ущерб: он должен был получать теперь меньше прежнего на 50 гульденов и на два ведра вина в год. Университет по этому случаю вошел к герцогу с самыми решительными объяснениями. Но это только раздражило герцога. Герцог не без насмешки отвечал университету, что вся буря поднялась лишь из-за 50 гульденов и двух ведер вина. Это подлило масла в огонь. Университет отвечал герцогу, что дело вовсе не в гульденах и в вине, а в тяжелом оскорблении, какому подвергнется корпорация. Герцог прислал своих комиссаров, чтобы уладить дело. Но мира все не было. Тогда сам герцог Фридрих с блестящей свитой пожаловал в университетский совет и положил конец препирательствам. Все три прежних профессора богословия удержали свою ординатуру, канцлер Озиандер также вступил в университет.
К замечательнейшим явлениям в жизни богословского факультета этого времени нужно отнести еще следующее: число проповедей, какое должны были произносить профессора, было еще увеличено. В тот день, когда известный профессор произносил проповедь, он освобождался от лекций. В положении наук произошло то изменение, что экстраординарному профессору назначен определенный предмет для лекций — догматика (compendium locorum theologicorum). В статутах факультета этого времени заслуживает внимание узаконение относительно вакаций. На факультете прежде всего были вакации, общие с другими факультетами; они состояли: из 18 дней рождественских, от праздника Фомы до Богоявления, из 7 дней среди поста от estomihi («пусть будет мне». Здесь и ниже это, по всей видимости, начальные слова из различных католических богослужений во время поста. — Ред.) до invocaverit («призвал (бы)» [или: «призовет»]), из 23 дней пасхальных, от Вербной субботы до misericordiae («милосердия»), из 8 дней праздника Пятидесятницы, из 36 дней собственно каникул, которые начинались 6 июля, наконец из 20 дней осенью со дня Михаила до дня Луки, следовательно, всего каникулярных дней было 112 или 16 недель. Кроме того богословы, а равно и медики, в разное время года имели еще 15 праздничных дней.
Делая общую характеристику состояния науки в рассматриваемый период, Вейцзеккер замечает, что богословские диспуты, к которым обязывались профессора и студенты, составляли собой упражнения в полемике, которая тогда господствовала в богословской литературе. Диспуты перешли в чисто формальное искусство спорить. В лекциях первое место занимал по-прежнему экзегезис, но, несмотря на всю ученость профессоров, понимание библейских книг оставалось без существенного прогресса.