Четвертый период (1620–1650 гг.) характеризуется упадком факультета ввиду продолжительной войны, которая отягощала Вюртембергское герцогство. Факультет пустеет, так что к концу этого периода он нуждался в полном восстановлении. Из обстоятельств Тюбингенской школы этого времени нужно в особенности отметить старания ее теологов предохранять себя от вторжения ересей. Один из профессоров факультета, Николаи, начал увлекаться по христологическим вопросам мнениями Менцера, господствовавшими в Гессенском университете и близкими к древнему несторианству. Тюбинген в это время славился ортодоксией, и такое явление, как Николаи, глубоко оскорбляло религиозное чувство тюбингенцев, тем более что он начал встречать себе сочувствие в других лицах. Начались споры между Николаи и прочими профессорами. Николаи вынужден был наконец объявить, что он отвергает сочинения Менцера. Но впоследствии оказалось, что раскаяние Николаи было неискренне. Начались еще большие смуты между богословами. Ортодоксалы выступили с открытыми опровержениями нового заблуждения. Вмешивается в дело сам герцог Иоанн Фридрих и входит в личные объяснения с Николаи. Последний вынужден был решительно отказаться от заблуждения и выступить в качестве борца против Менцера, но все-таки положение его в университете было крайне неприятно, и он оставляет профессуру. С подобной же ревностью университет борется и против католицизма. Когда один из бывших членов Иезуитского ордена, Рейгинг, обратился в протестантство и был назначен по воле герцога экстраординарным профессором на факультете, то ему вменено было в обязанность строго следовать протестантскому учению. И свои лекции, и свои сочинения он должен был наперед отдавать на цензуру богословскому факультету и консистории. На него также был возложен труд литературно опровергать свою прежнюю Церковь, а именно, он должен был подвергнуть критике свое собственное сочинение, написанное, в интересах католицизма, против одного дрезденского протестантского богослова, а чтобы он мог сделать это скорее, он был освобожден от лекций. В это время видим также ревностную заботливость об охранении православия студентов. Когда было замечено, что между студентами появляются кальвинические идеи, то предписано было, чтобы книгопродавцы не осмеливались продавать студентам книг еретических и в особенности кальвинических. Списки книг, назначенных для учащихся, книгопродавцы должны были наперед представлять на рассмотрение факультета. Самые книги не прежде поступали во владение студентов, как после цензуры со стороны богословов.
Поступление на профессорскую должность в то же время строже регулируется. Кандидат на эту должность должен сначала подвергнуться публичному диспуту, и прочесть oratio pro loco («молитва о месте» (лат.). — Ред.). Кроме того, никто не мог быть сделан профессором, если он не составил себе имени в литературе. Мало того, теперь требуется, чтобы и будучи на кафедре, профессор заявлял себя научными литературными трудами. Это рассматривалось как существенная часть обязанностей профессора. Если сочинение, каким занимался профессор, требовало быстрого окончания и способно было возбудить общий интерес, в таком случае он освобождался от лекций. Сам герцог иногда поручал богословам-профессорам такие или другие работы. — В круг предметов преподавания вводится новый предмет — обличительное богословие (Lectio controversiarum theologicarum), которое впоследствии занимает очень видное место в ряду других наук. Замечательны меры правительства к привлечению иностранцев поступать на факультет.