Новое орудие установили на том же месте, где ранее на МиГ-23БН стояла ГШ-23Л — под отсеком бака № 1А. Пушку разместили в подфюзеляжной нише, не закрывавшейся обтекателем, что обеспечило удобство монтажа, обслуживания и, главное, — хорошее охлаждение при стрельбе. В качестве лафета использовали элементы силовой конструкции самолёта, а начальную раскрутку блока стволов обеспечивала специальная пневмосистема. Для отвода пороховых газов при стрельбе на переднем срезе стволов пушки устанавливался локализатор. Съёмный патронный ящик был упразднён, а на его месте оборудован патронный отсек, занимавший практически весь объём между шпангоутами № 13Б и № 14. При этом пришлось внести изменения в силовой набор фюзеляжа. Закабинный отсек от 12-го до 14-го шпангоута вообще сконструировали заново. Между шпангоутами 12 и 13 ввели проставку длиной 200 мм, а шпангоут 13Б, ранее (на МиГ-23БН) стыковавшийся со шпангоутом 14, сдвинули вперёд на длину нового отсека. Через верхние люки прямо в отсек укладывалась патронная лента на 300 патронов, весившая в снаряжённом виде около 300 кг. В патронный же отсек по рукаву при стрельбе ссыпались и отработанные звенья (гильзы и патроны-осечки уходили за борт). Для разделения патронной ленты и отработанных звеньев в отсеке имелись гибкая металлическая шторка и брезентовый клапан. Из-за нового отсека пришлось отказаться от стоявшего на «бэ-эне» дополнительного бака № 1. Однако в результате установки на самолёт нерегулируемых воздухозаборников система автоматического управления клиньями УВД-23 была упразднена, и в нижней части закабинного отсека высвободилось место. Его и занял увеличенный бак № 1А, отличавшийся от ранее установленного на МиГ-23БН не только объёмом, но и конструкцией: это был уже не «бочонок», а отсек планера. Кроме горючего, в нём разместили шесть сферических баллонов с азотом системы нейтрального газа, подававшимся в топливные баки для защиты от возгорания при прострелах. Новый бак вмещал 480 л топлива.
Основные конструктивные проблемы «шестистволки» были решены ещё в процессе доводки, однако её установка на самолёте имела свою специфику.
Новое изделие потребовало ряда доработок: автоматы первых серий не могли выпускать требуемую по техническому заданию одну непрерывную очередь с расходом полного боекомплекта. После первых 150 выстрелов из-за перегрева требовалось пятнадцатиминутное охлаждение блока стволов и лишь затем можно было продолжать стрельбу. Был ряд и других серьёзных дефектов, связанных с надёжностью системы в целом (работой кинематики, подачей патронов и прочностью узлов).
В ходе серийного производства на Ижевском машиностроительном заводе удалось со временем устранить большую часть конструктивных недочётов и обеспечить приемлемую надёжность изделия. Доработанная пушка позволяла выпускать одной очередью до 300 снарядов. Сложной задачей оказалось крепление пушки на самолёте: в авиационном варианте ГШ-6-30А имела отдачу в 5500 кг. Ударные нагрузки при стрельбе были слишком мощными для конструкции МиГ-23БМ — всё же его планер являлся переделкой довольно лёгкого истребителя. Установка отрабатывалась на деревянном макете, на котором увязывались узлы и агрегаты. При первой же пробной стрельбе из «шестистволки» макет попросту развалился.
Когда приступили к отладке орудия на самолёте, сразу возникло множество проблем. В результате первых испытаний в воздухе выяснилось, что ударные и частотные характеристики, полученные при стрельбе из ГШ-6-30А на земле, не соответствуют тому, что имеет место в воздухе. Первая же стрельба в полёте закончилась тем, что после очереди из 25 снарядов все приборы в кабине отказали. В дальнейших испытательных полётах бывали случаи деформации и даже срыва щитков передней опоры шасси, из-за сильных вибраций буквально рассыпался патронный рукав и отказывало РЭО в закабинном отсеке.