После победы над Германией Сергею Александровичу доверили еще покомандовать 12-й воздушной армией в скоротечной войне против Японии. Уже через неделю после начала советского вторжения в Маньчжурию японцы капитулировали, так что Красной Армии осталось принять пленных и трофеи. Худяков сажал свои транспортные самолеты прямо на неприятельских аэродромах. Из самолетов выходили несколько десятков десантников, и им сдавались многотысячные японские гарнизоны. После завершения советско-японской войны маршал несколько месяцев командовал авиацией Дальнего Востока. Потом Сергея Александровича вызвали в Москву и 14 декабря 1945 года арестовали. Арест без санкции прокурора произвели органы военной контрразведки «Смерш». Ее глава генерал-полковник В.С. Абакумов вскоре стал главой Министерства государственной безопасности. Он и был одним из архитекторов дела Худякова.
Два месяца маршал крепился и не признавал себя виновным. Затем его сломали. 19 февраля 1946 года Сергей Александрович согласился с утверждениями следователей, что является матерым английским шпионом, что в 1918 году служил в дашнакском отряде, а уже будучи маршалом «злоупотреблял служебным положением». Здесь соответствовал действительности только последний пункт. Худяков, как и многие другие генералы и маршалы, болел «трофейной лихорадкой». И
в Германии, и в Маньчжурии брал мебель, ковры, картины. К сожалению, в отличие от маршала Жукова и того же Абакумова, опись изъятых у Худякова трофейных ценностей до сих пор не опубликована. Может быть, она и не сохранилась. Но, как и у других советских военачальников, трофейные дела у Сергея Александровича шли лишь небольшим довеском к куда более серьезным политическим статьям.В марте 46-го года наконец была получена санкция прокурора и оформлено постановление на арест маршала, более трех месяцев содержащегося в застенке без каких-либо законных оснований. 22 августа 1946 года Худякову официально предъявили обвинение в измене Родине и злоупотреблении служебным положением. Следствие длилось четыре года. Только 18 апреля 1950 года маршал Худяков предстал перед Военной коллегией Верховного Суда СССР. В тот же день судебный процесс, проходивший без участия защиты, обвинения и без вызова свидетелей, закончился. Сергея Александровича признали виновным по всем статьям и приговорили к смертной казни. Что же конкретно ему инкриминировалось?
Следствие утверждало, будто Ханферянц, состоя на службе в красногвардейском отряде в городе Баку, был завербован английским офицером Вильсоном. По заданию британской разведки Арменак дезертировал из красногвардейского отряда и вступил в дашнакский отряд, подчинявшийся эсеро-меньшевистскому правительству города (это правительство, называемое Диктатурой Центрокаспия, свергло большевистское правительство во главе с С.Г. Шаумяном). Вместе с дашнаками Ханферянц якобы «принял участие в конвоировании арестованных 26 Бакинских комиссаров из г. Баку к
месту их казни в г. Красноводск».Читатель, уже знакомый с некоторыми деталями худяковской биографии, должно быть, удивится. Если человек вступил в отряд, созданный армянской национальной партией Дашнакцутюн, по идеологии близкой к русским меньшевикам, значит, прежде всего сознавал себя армянином. Но как-то сложно себе представить, что убежденный армянский националист, участвовавший в казни бакинских большевиков, вдруг добровольно превратился в бойца Красной Армии с вполне русскими именем, отчеством и фамилией — Сергей Александрович Худяков. Чтобы объяснить эту странность, суду опять понадобилась «Сикрет Интеллидженс Сервис»: в том же 18-м году Ханферянц «установил связь с агентом английской разведки Воскресенским, по заданию которой со шпионскими целями неоднократно проникал в расположение частей Красной Армии. В дальнейшем Худяков длительное время был связан по шпионской деятельности с агентами английской разведки Карпушиным-Зориным, Лукавой и Мосиным, впоследствии осужденными».
В качестве довеска, как я уже говорил, шло злоупотребление служебным положением: «В период Отечественной войны, используя свое служебное положение, Худяков присвоил большое количество трофейного имущества и других ценностей». Этот пункт приговора, возможно, и соответствовал истине. Во всяком случае, начальник штаба ВВС, к услугам которого была вся фронтовая авиация, имел практически неограниченные возможности для вывоза трофеев в СССР.