А вот участие Худякова в расстреле 26 Бакинских комиссаров и шпионаже в пользу Англии — это чистой воды фантастика. Зато анализ этих обвинений помогает понять, почему же все-таки арестовали Сергея Александровича. Первая мысль: Абакумов по поручению Сталина начал подкоп против непосредственного начальника Худякова главкома ВВС главного маршала авиации А.А. Новикова, которого действительно взяли спустя несколько месяцев. Однако хоть инкриминировали Александру Александровичу измену Родине, но совсем в другой в форме. Новикова обвинили в сознательном вредительстве, выразившемся в приеме на вооружение бракованной авиатехники. Но Худякова-то в подобном не обвиняли, и его дело развивалось совершенно независимо от дела Новикова. В чем же была настоящая причина трагедии, случившейся с Сергеем Александровичем?
Думаю, что здесь Сталин вел охоту на еще более крупного зверя. Такой вывод можно сделать, знакомясь с материалами дела по реабилитации Сергея-Арменака Александровича-Артемовича Худякова-Ханферянца. 18 августа 1954 года Военная коллегия Верховного Суда рассмотрела заключение Генеральной прокуратуры. Там говорилось, что показания Худякова, данные на следствии, о службе в дашнакском отряде и связях с британской разведкой «никакими объективными данными не подтверждены», а допрошенные в ходе предварительного следствия свидетели «прямых показаний о преступной деятельности Худякова не дали». Ни на одном из проходивших в 1920–1927 годах судебных процессах над лицами, причастными к гибели Бакинских комиссаров, имя Худякова ни разу не называлось ни в каком качестве. Не существует никаких данных и о том, что он был английским шпионом. Карпушин-Зорин и Мосин действительно были осуждены, но отнюдь не за связи с британской разведкой, а за «участие в военном заговоре». Лукаве же в вину вменялась только «антисоветская агитация». В своих показаниях все трое ни разу не назвали фамилию Худякова-Ханферянца. И дела их были столь же дутыми, как и дело маршала.
В мемуарах бывшего начальника Главного Управления охраны генерал-лейтенанта Николая Сергеевича Власика отмечается, что «были, как это ни печально, и предательства (маршал авиации Худяков). Не все в свое время было выкорчевано с корнем. Но самым губительным и опасным было то, что среди людей, особенно близких к Сталину, оказался такой страшный враг и предатель, как Берия». Раз дело Худякова отложилось в памяти начальника сталинской охраны, то можно предположить, что оно находилось под пристальным вниманием Иосифа Виссарионовича. А поскольку вслед за Худяковым Власик тут же упоминает Берию как «врага народа», то нельзя исключить, что первоначально планировалось при конструировании Сталиным и Абакумовым мнимого заговора создать связку Худяков — Микоян — Берия. Ведь Анастас Иванович действительно был близок к Лаврентию Павловичу, и даже в июне 53-го, на роковом для Берии Пленуме, как мы увидим дальше, предлагал не арестовывать обвиненного в заговоре шефа МВД, а всего лишь переместить на менее ответственный пост министра нефтяной промышленности. В 46-м же Микояну и Берии, в отличие от Худякова, повезло. Они еще нужны были Сталину, и он не стал делать из Анастаса Ивановича и Лаврентия Павловича заговорщиков. Эти члены Политбюро еще были нужны «кремлевскому горцу». Правда, если верить мемуарам Хрущева, незадолго до своей кончины Иосиф Виссарионович всерьез рассматривал возможность сделать из Микояна, Ворошилова, Берии и Молотова английских шпионов в рамках планируемой новой чистки в верхнем эшелоне власти. Да вот только смерть помешала.
Бывший заместитель министра госбезопасности и начальник следственной части МГБ полковник М.Д. Рюмин, арестованный вскоре после смерти Сталина, на допросах 10–13 июня 1953 года показал, что допрашивавший Худякова следователь Герасимов заставил того признаться в принадлежности к английской агентуре, а также в том, что «принимал якобы какое-то участие в расстреле Бакинских комиссаров». По словам Рюмина, Герасимов систематически избивал маршала. О том, что к Худякову применялись меры физического воздействия, показал на допросе и бывший следователь М.Т. Лихачев. Сам Герасимов рассказывал Рюмину, что Абакумов в разговоре с Анастасом Ивановичем Микояном выяснял обстоятельства ареста и расстрела 26 Бакинских комиссаров, чтобы потом внести эти данные в протокол в качестве признаний, будто бы добровольно сделанных Худяковым.