На решении о расстреле поляков подписи Берии нет — он был лишь кандидатом в члены Политбюро и не имел права решающего голоса. Предложение НКВД о расстреле поляков подписано Берией. Однако такое предложение скорее всего оформлялось задним числом. На этом постановлении стоят подписи членов Политбюро, но есть одно примечательное исправление: в составе тройки, которая должна была проштамповать смертные приговоры полякам, первоначально стоявшая в машинописном тексте фамилия Берии вычеркнута и чернилами вписана фамилия Б.З. Кобулова. Это можно расценить как доказательство того, что предложение за подписью главы НКВД составлялось не им и уже после принятия решения Политбюро. Не стал бы сам Лаврентий Павлович предлагать самого себя в состав тройки, чтобы потом самого же себя и вычеркивать. Вероятнее всего, Берия действительно был против казни поляков и согласился поставить свою подпись только при условии, что его имя будет вычеркнуто из числа тех, от лица которых формально будут вынесены смертные приговоры. Принимая во внимание послевоенную позицию Берии относительно объединения Германии в единое буржуазно-демократическое государство, рассказ Серго о возражениях отца против расстрела поляков представляется вполне правдоподобным.
Кроме поляков, в 1939–1941 годах было уничтожено несколько десятков тысяч представителей прибалтийской, западноукраинской и западнобелорусской национальной элиты. За эти, как и многие другие преступления против человечества, Берия несет ответственность как шеф НКВД и член высшего руководства страны. Из западных районов Белоруссии и Украины было депортировано в 1940 году 140 тысяч польских крестьян, так называемых «осадников», переселившихся сюда после 1920 года. За несколько дней до начала Великой Отечественной войны была осуществлена также массовая депортация «неблагонадежных элементов» из Прибалтики и Бессарабии.
К моменту прихода Берии НКВД представляло собой не только карательный, но и мощный хозяйственный механизм. Узники ГУЛага трудились на многочисленных стройках. В 1940 году НКВД выполнило 13 % всех капитальных работ в народном хозяйстве страны. На 1941 год организации Наркомата должны были освоить капитальных вложений на 6,8 млрд, рублей и выпустить промышленной продукции на 1,8 млрд, рублей. Реализоваться этих «планов громадье» должно было благодаря подневольному труду почти двух миллионов заключенных.
В период Великой Отечественной войны роль НКВД в экономике еще больше возросла. В 1941–1944 годах на долю ведомства Берии пришлось почти 15 % всего капитального строительства. Зэки построили 612 полевых и 230 постоянных аэродромов, авиационные заводы в районе Куйбышева, авиазавод в Омске, 3 доменных печи с годовой мощностью почти в 1 млн. т чугуна. 16 мартеновских и электроплавильных печей, выпускавших в год до полумиллиона тонн стали, прокатные станы на 542 тыс. т стали, ввели в строй десятки шахт и разрезов, где в год добывали до 7 млн. т угля (рубили уголек те же зэки), 10 компрессорных станций для нефтяной промышленности, завод нитроглицериновых порохов и многое, многое другое. На предприятиях НКВД за тот же период было добыто 315 т золота, 9 млн. т угля, 6 млн. т черновой меди, 407 тыс. т нефти, 1 млн. т хромовитой руды, произведено 30 млн. мин, выработано 90 млн. куб. м леса и дров. Сталин был доволен успехами НКВД на экономическом фронте, и это стало одной из главных причин перевода Берии вскоре после окончания войны на хозяйственную работу. Сбылось то, о чем мечтал Лаврентий Павлович, мечтал еще в начале 20-х. Может быть, еще тогда, в Баку, чувствовал, что чекистский труд слишком неблагодарен и что чем выше поднимешься по карьерной лестнице карательного ведомства, тем больнее будет падать. Иное дело — хозяйственная работа. Здесь есть серьезный шанс уцелеть и на самой верхушке пирамиды. Вот только отрасль предстояло курировать Лаврентию Павловичу весьма специфическую — проектирование и производство атомной и водородной бомб. Для строительства атомных объектов планировалось широко использовать ГУЛаг, а для ускорения научно-технических разработок — добыть с помощью разведки американские и английские атомные секреты. Берия имел опыт и в том, и в другом, да еще какое-никакое, но техническое образование. Поэтому выбор пал на него.