Сыграло свою роль и то, что Лаврентий Павлович создал в системе ГУЛага сеть научно-исследовательских учреждений — так называемых «шарашек», где над проектами оборонного значения трудились ученые-заключенные. Часто их и арестовывали только затем, чтобы посадить работать в «шарашке» над темами, интересующими военное и карательное ведомства. Там трудились, в частности, знаменитые конструкторы А.Н. Туполев и С.П. Королев. Одному из сотрудников «шарашки», итальянскому авиаконструктору графу Роберту Оросу ди Бартини, неосмотрительно приехавшему в 20-е годы в СССР строить социализм, а теперь доказывавшему, что ни в чем не виноват, Лаврентий Павлович с веселым цинизмом ответил: «Конечно, знаю, что ты не виноват. Был бы виноват — расстреляли бы. А так: самолет — в воздух, а ты — Сталинскую премию и на свободу».
Подробнее о работе Берии над атомной бомбой мы скажем чуть позже. Пока же возвратимся в предвоенные годы. В 1940-м Берия преподнес Сталину большой подарок — организовал убийство Троцкого. К крупному же провалу советской разведки, не сумевшей узнать о плане германского нападения на СССР, Лаврентий Павлович, строго говоря, прямого отношения не имел. С января 1941 года разведка была передана в ведение нового Наркомата государственной безопасности СССР, который возглавил Меркулов. Тогда же Берии было присвоено звание генерального комиссара госбезопасности, эквивалентное маршальскому званию в армии, а с февраля 41-го он стал заместителем председателя Совнаркома, курирующим органы безопасности.
С началом войны НКГБ был вновь слит с НКВД, во главе которого остался Лаврентий Павлович. Берия был назначен также членом Государственного Комитета Обороны (с 16 мая 1944 года он стал заместителем председателя ГКО) и курировал в этом качестве оборонную промышленность страны. 30 сентября 1943 года за успехи в области производства вооружения и боеприпасов ему было присвоено звание Героя Социалистического Труда. Надо признать, что энергия Лаврентия Павловича немало способствовала тому, что Красная Армия имела в избытке танки и самолеты, мины и снаряды. Хотя и здесь не обходилось без приписок и есть основания подозревать, что на бумаге производство некоторых видов вооружений было завышено в полтора-два раза.
После приземления немецкого самолета «Юнкерс-52» на Красной площади в мае 41-го, в самый канун войны и в первые ее дни, было арестовано несколько генералов, связанных с авиацией и ПВО, а также бывший начальник Генштаба К.А. Мерецков и нарком вооружений Б.Л. Ванников. Двум последним повезло. Продержав несколько месяцев в тюрьме и заставив признаться в заговоре и шпионаже в пользу Германии, Кирилла Афанасьевича и Бориса Львовича выпустили и восстановили в генеральских званиях. Другим повезло меньше. По представлению Берии Сталин санкционировал расстрел Г.М. Штерна, П.В. Рычагова, А.Д. Локтионова, Я.В. Смушкевича и других арестованных по «делу авиаторов». Это представление, как и в случае с поляками, Лаврентий Павлович писал по указанию Хозяина. Несчастных расстреляли в Куйбышеве 28 октября 1941 года по ложным обвинениям в том, что они являлись заговорщиками и немецкими агентами. Большинство из них во время следствия не выдержали избиений и покаялись в преступлениях, которые не совершали. Только командующий Прибалтийского округа генерал-полковник А.Д. Локтионов стойко вынес пытки и ни в чем не признался, что, однако, не спасло его от пули.