Начались протесты против такого командования. 21 мая командарм-5 направил командвосту телеграмму, в которой говорилось: «Начиная с 10 сего мая, вероятно, ввиду многих неизвестных мне обстоятельств вами были отданы пять задач для 5-й армии, каждый раз отменяющие одна другую… Эти отмены приказов совершенно измотали дивизии, и части совершенно перепутались, связь нарушилась и проч.»
В заключение командарм просил командвоста соблюдать статью 19 Полевого устава, издания 1918 года, в которой говорится, что прежде чем отдать приказ, надо подумать.
«Большие неприятности перенес и тов. Фрунзе, которому тов. Самойло неожиданно 18 мая запретил преследовать белых. Тов. Фрунзе дал решительный отпор, и тов. Самойло отменил свой приказ, разрешив занять Уфу. Тов. Фрунзе успешно провел операцию по занятию города Уфы».
С точки зрения воинской субординации, поведение Тухачевского было недопустимо, несмотря на то что по существу он был прав. Однако в годы Гражданской войны подобные пререкания нижестоящих начальников с вышестоящими и неисполнение приказов было довольно-таки распространено и у красных, и у белых. Например, почти одновременно со ссорой Тухачевского и Самойло, в конце мая, по другую сторону фронта командующий Сибирской армии генерал Гайда потребовал от Колчака отставки наштаверха Лебедева, а на прямой вопрос, намерен ли он, Гайда, впредь исполнять приказы Верховного Главнокомандующего, ответил: «Да, но поскольку они не будут мешать моим, как командующего Сибирской армии, оперативным распоряжениям». Взбунтовавшегося командарма пригрозили арестовать, но в конце концов оставили в прежней должности, заручившись только обещанием исполнять все приказы, а не только те, которые понравятся. Очень многие приказы и в Красной Армии, и в белых армиях так и исполнялись: «постольку-поскольку». Грешил этим и Тухачевский, но не менее часто сам страдал от подобной практики со стороны подчиненных или соседей. К тому же связь работала плохо, и приказы и донесения об обстановке часто не доходили до соответствующих штабов.
Надо отметить, что стратегические решения Тухачевского не всегда были продуманны и взвешенны. Троцкий, например, высоко ценя Михаила Николаевича как «талантливого, но склонного к излишней стремительности полководца», в 1937 году признавал: «Ему не хватало способности оценить военную обстановку со всех сторон. В его стратегии всегда был явственный элемент авантюризма».
Златоустовская операция, открывшая Красной Армии путь через Уральский хребет, была проведена с точки зрения канонов военного искусства почти образцово (притом что просто «образцовых», без «почти», в природе не существует — в планы полководцев всегда вмешивается случай или неучтенные обстоятельства). Местность, где предстояло действовать 5-й армии, была труднодоступна для больших масс войск — лесистые горные кряжи, пересекавшиеся долинами рек Ай и Юрюзань, узким дефиле железной дороги и трактом Бирск — Златоуст (ранее этим трактом шел Ханжин в своем безумном наступлении к Волге). Главный удар Тухачевский наносил на крайнем левом фланге, от которого и отходил упомянутый тракт. Здесь он сосредоточил ударную группу из 15 стрелковых полков 26-й и 27-й дивизий с сильной артиллерией. А правее ее смело оставил незанятый войсками 90-километровый промежуток против практически недоступного хребта Кара-Тау. Белые, в свою очередь, и Бирский тракт, и Златоустовскую железную дорогу прикрыли двумя примерно одинаковыми по численности группировками. На тракте стоял сильно потрепанный Уральский корпус с полутора пехотными и тремя слабыми кавалерийскими дивизиями. Железную дорогу держали две пехотные дивизии того же корпуса и кавбригада. В тылу, в пяти переходах от линии фронта, располагались две пехотные дивизии Уфимского корпуса Каппеля и Ижевская бригада — самая боеспособная во всей колчаковской армии, сформированная из восставших против большевиков рабочих ижевских заводов. Пехотная дивизия белых тогда уже значительно уступала по численности личного состава стрелковой дивизии красных.