Появление Цезаря с незначительными военными силами в Египте по существу с самого начала было встречено крайне недружелюбно, так что ему пришлось срочно вызвать из Азии еще два легиона. Возможно, что Цезарь первоначально не намеревался надолго задержаться в Египте — в его «Записках» говорится о том, что, мол, неблагоприятные ветры делали невозможным в то время отплытие из Александрии. Однако он был крайне заинтересован в получении денежных средств, необходимых ему для содержания войска. Дело в том, что за Птолемеем Авлетом, т. е. отцом нынешнего египетского царя, числился огромный долг в 17 миллионов денариев. Эту огромную сумму он в свое время получил в Риме сначала при помощи Рабирия Постума, а затем и самого Цезаря. Цезарь простил теперь детям царя часть долга, но требовал возврата 10 миллионов. Потин, фактический глава египетского правительства, к тому же министр финансов, чинил всяческие препятствия и вел себя вызывающе : велел кормить солдат Цезаря черствым хлебом, говоря, что они должны быть довольны и этим, поскольку едят чужое, а самому Цезарю и его приближенным выдавал к столу только глиняную или деревянную посуду, уверяя, что золотая и серебряная пошла якобы на уплату долгов.
Все это, вместе взятое, послужило причиной или только желанным предлогом для активного вмешательства Цезаря во внутренние дела египетского государства. Согласно завещанию Птолемея Авлета, египетский престол должны были занять совместно Птолемей Дионис и его старшая сестра и супруга Клеопатра. Однако между братом и сестрой началась вражда, и Клеопатра была изгнана из Александрии при непосредственном участии Потина. Теперь в пику последнему Цезарь тайно пригласил ее к себе. При первом же свидании он был очарован ее умом, красотой, смелостью и, выступив в качестве посредника между братом и сестрой, добился их примирения. В ответ на это Потин вызвал в Александрию войска из–под Пелусия; этими войсками командовал его сторонник Ахилла.
Появление в Александрии армии в 20 тысяч человек, возвращение в гавань 50 военных судов, посланных в свое время на помощь Помпею, — все это создавало для Цезаря с его явно недостаточными военными силами крайне опасное, даже критическое положение. Вскоре римляне оказались фактически на положении осажденных в той части города, где находился дворец. Пришлось вести уличные бои; кроме того, Цезарь удерживал при себе в качестве полупленника или заложника юного египетского царя.
Ахилла занял своими войсками почти всю территорию города и пытался отрезать Цезаря от моря. Бой шел как на улицах, так и в районе гавани. Цезарю пришлось пойти на то, чтобы поджечь корабли, в том числе и те, которые находились в доках. Распространившийся отсюда пожар охватил знаменитую александрийскую библиотеку. После этого Цезарь для сохранения надежной связи с морем спешно высадил своих солдат на Фаросе, занял этот остров, соединенный дамбой с Александрией, и закрепился на нем.
Борьба продолжалась с переменным успехом. Потин, главный инициатор и фактический руководитель всех антицезарианских сил, был схвачен и казнен. Но это мало что изменило в общем положении и расстановке сил. Младшая дочь царя Арсиноя бежала к Ахилле и вместе с ним начала весьма энергично руководить военными действиями. Однако вскоре их отношения испортились, возникли трения, и Ахилла был по ее распоряжению убит. Командование армией Арсиноя поручила своему воспитателю евнуху Ганимеду.
Военные действия затягивались. Становилось ясно, что без основательной помощи извне не обойтись. Тогда Цезарь направил Митридата Пергамского, одного из своих наиболее приближенных и наиболее доверенных лиц, в Сирию и Киликию для срочной организации подкреплений. Митридат, принадлежавший у себя на родине к высшей знати, известный своим мужеством и знанием военного дела, бывший к тому же, по слухам, незаконнорожденным сыном знаменитого Митридата Понтийского, пользовался большой популярностью в различных азиатских городах и общинах и потому как нельзя более подходил для выполнения возложенной на него миссии. Кстати говоря, выбор Митридата и характер данного ему поручения еще раз свидетельствуют о важной и вместе с тем активной роли местных общин в ходе гражданской войны.