Внутреннее расстройство московской жизни, кроме случайных физических бедствий того времени, имело двоякие причины. Одни заключались в так называемой опричнине Грозного и ее следствиях, другие — в том стихийном явлении, что трудовая масса московского населения пришла в движение и, покидая старую оседлость, стала рассеиваться по направлению от центра к окраинам государства. Обе категории причин были во взаимной связи, действовали одновременно и в короткое время привели Московское государство к внутренней катастрофе.
К изложению этого сложного процесса мы теперь и обратимся.
Смысл опричнины совершенно разъяснен научными исследованиями последних десятилетий. Современники Грозного ее не понимали, потому что правительство не давало народу объяснений по поводу тех мер, какие принимало; самые же меры представлялись очень странными. Смиренный дьяк Иван Тимофеев, «книгочтец и летописных книг писец», представляет в своем «временнике» дело так, что царь возненавидел «грады земли своея» и во гневе разделил их и «яко двоеверны сотворил». Другой современник выразился крепче, сказав, что по разделении государства царь одну его часть взял себе, другую дал великому князю Симеону Бекбулатовичу и заповедал своей части «оную часть людей насиловати и смерти предавати». Итак, видно было только разделение государства и насилие над одной частью его, «земщиною», другой его части — «опричнины». Зачем это делалось, не понимали и думали, что царь просто «играл божиими людьми». Действительно было странно делать над своими мирными подданными то, что сделал Грозный. Недовольный окружавшей его знатью, он применил к ней ту меру, какую Москва применяла к своим врагам, именно — «вывод». И отец, и дед Грозного, следуя старому обычаю, при покорении Новгорода, Пскова, Рязани, Вятки и иных мест выводили оттуда опасные для Москвы руководящие слои населения во внутренние московские области, а в завоеванный край посылали поселенцев из коренных московских мест. Это был испытанный прием ассимиляции, которым московский государственный организм усваивал себе чуждые общественные элементы. В особенности крут и ясен был этот прием в Великом Новгороде и на Вятке; при самом Иване Грозном в несколько лет Казань была превращена в русский город, из которого татары все были выведены в «татарскую слободу». Лишаемый местной руководящей среды, завоеванный край немедля получал такую же среду из Москвы и начинал вместе с ней тяготеть к общему центру Москве. То, что так хорошо удавалось с врагом внешним, Грозный задумал испытать с врагом внутренним, то есть с теми людьми, которые ему представлялись враждебными и опасными. Он решил вывести с удельных наследственных земель их владельцев княжат и поселить их в отдаленных от прежней оседлости местах, там где не было удельных воспоминаний и удобных для оппозиции условий; на место же выселенной знати он сажал служебную мелкоту, детей боярских, на мелкопоместных участках, образованных на пространстве старых больших вотчин.
Исполнение этого плана Грозный обставил такими подробностями, которые возбуждали недоумение современников, ибо не вытекали из сути дела. Он начал с того, что в декабре 1564 года безвестно покинул Москву и только в январе 1565 года дал о себе весть из Александровской слободы. Он грозил оставить совсем свое царство из-за боярской измены и остался во власти, по усердному молению москвичей, только под условием, что ему не будут перечить на изменников «опала своя класти, а иных казнити, и животы их и статки (имущество) имати, а учинити ему на своем государстве себе опричнину: двор ему себе и на весь свой обиход учинити особной». Таким образом, борьба с «изменою» была целью; опричнина же являлась средством. Новый «особный двор» Грозного состоял из бояр и детей боярских — новой «тысячи голов», которую отобрали так же, как в 1550 году отобрали тысячу лучших дворян для службы в столице. Первой тысяче дали тогда подмосковные поместья; второй — Грозный дает поместья в уездах тех городов, «которые городы поймал в опричнину»; это и были опричники, предназначенные сменить опальных княжат на их удельных землях. Для содержания нового двора царь с самого начала отобрал некоторое число дворцовых сел и волостей, приписал к новому двору некоторые улицы и слободы в самой Москве, взял «в опричнину» более десятка городов с их уездами и перевел из государственных касс в свое ведение доходы с волостей и городов, выбрав для того крупные и доходные торговые центры.