Именно в этой обстановке надлежит искать происхождение опричнины. Не отваживаясь сразу разогнать «раду», царь терпел ее около себя, но внутренне отдалился от нее; и члены «рады» понимали, что прежнее отношения порвались. Наиболее чуткие тотчас же пожелали уйти в Литву от создавшейся обстановки царского недоверия и вражды с царицыной родней. Так поступили ростовские князья и, конечно, только углубили этим происшедший разрыв. В общем, однако, дело тянулось до начала Ливонской войны, когда, наконец, царь показал явно свою независимость от «рады». В первые же годы войны и, быть может, под влиянием достигнутых успехов, Грозный окончательно освободил себя от общения с «попом» и А. Адашевым. Оба они были удалены из Москвы — первый в монастырь, а второй на театр войны. Попытки друзей заступиться за них и возвратить их были отклонены и раздражили Грозного. Последовали опалы на заступников, не остановившие, однако, новых попыток вернуть прежних любимцев. В воспоминаниях Грозного дело имело такой вид, что он, освободившись от Сильвестра и Адашева, думал сначала легко покончить с «радой»; но приятели удаленных упорно держались за свои позиции, мечтали о возвращении ко власти и вообще обнаружили «разум непреклонен» к тому, чтобы на царя «лютейшее составити умышление». Тогда Грозный вышел из душевного равновесия. Дело осложнилось тем, что в это время скончалась (7 августа 1560 года) жена Грозного царица Анастасия, долго, с ноября 1559 года, болевшая. Царь связал ее кончину с той «ненавистью зельною», какую, по его мнению, питали к царице Сильвестр и Адашев, и поставил свою горестную утрату как бы в вину всей «раде». Разрыв с «радой» получил характер острого и бурного столкновения. Первые попытки вернуть опальных Грозный отвел сравнительно милостиво: «исперва убо казнию конечною ни единому коснухомся», — писал он. А дальше «повинные по своей вине таков (какова вина) суд прияли», то есть последовали казни; так, были без суда казнены родственники А. Адашева (сам же он умер в Дерпте в начале 1561 года).
Первые казни открыли собой новый период в развитии московских осложнений. По-видимому, они вызвали общее возмущение боярских кругов, которое выразилось в наклонности к отъездам в Литву. На недовольство бояр царь отвечал новыми репрессиями: были отправлены в ссылку, в монастырь на север, князь Дм. Курлятев и князь Мих. Воротынский с семьями. С некоторых бояр были взяты обязательства не отъезжать из Москвы и для них требовались поручители с ответственностью в случае нарушения данного обязательства. Отношения в Москве обострялись не только по причинам политического порядка, но и потому, что по смерти жены и по удалении «попа» Грозный вспомнил обычаи своей юности и распустился, впал в пьянство и разврат. Все в целом поведение Грозного возбуждало против него не одну «раду», но и всех тех, кто дорожил добрыми нравами и истовым «чином» дворцовой жизни. О том, как обличали Грозного за его грехи старые вельможи, ходили по Москве любопытные рассказы: князь Мих. Репнин был будто бы по царскому приказу убит за то, что сурово осудил шутовской маскарад во время дворцовой оргии.