Не знаем, какие аргументы использовали бояре и митрополит в своих беседах с царем, но результат известен — царь должен был уступить их давлению: «подал надежду на исправление жизни и в продолжение почти шести месяцев оставался в спокойствии». Так сообщает Шлихтинг. Поскольку вслед за этим он рассказывает о событиях, происходивших в декабре 1564 года, очевидно, что столкновение произошло в конце весны — начале лета, то есть как раз тогда, когда царь писал свое послание Курбскому. Отсюда понятно появление на его страницах тех высказываний, которые приведены выше.
О том, как тревожно чувствовала себя в это время царская семья, выразительно свидетельствует рассказ об освящении собора Никитского Переяславского монастыря, которое произошло 14 мая 1564 года. С этой обителью Ивана и членов его семьи связывали особые отношения. Когда после неожиданной смерти наследника царевича Дмитрия огорченная царская семья возвращалась в Москву из путешествия на Белоозеро, она остановилась в Никитском монастыре близ Переславля-Залесского. Здесь царица Анастасия «зачала», и рождение 28 марта 1554 года нового наследника — царевича Ивана было приписано чудесному покровительству патрона обители — преподобного Никиты Столпника. Когда через некоторое время маленький царевич заболел, он исцелился благодаря воде, освященной у мощей святого Никиты. Маленький монастырь, в котором жило всего семь монахов, был осыпан царскими милостями. Царь устроил здесь большую обитель, наделил ее землями, построил каменную ограду, трапезную и каменные храмы. На освящение главного из них, во имя «великомученика Христова Никиты», прибыли вся царская семья и митрополит Афанасий. После освящения храма царь поехал к гробнице своего покровителя святого Сергия «помощи просити... милости и устроения его царскому державству великия Росия». Мария же Темрюковна, оставшаяся на некоторое время в Никитском монастыре, просила монахов этой обители молиться «о устроении земстем и мире всего православного християнства».
Небесные патроны должны были помочь царю в борьбе с непокорными подданными, желаниям которых он не был намерен уступать. Летом — осенью 1564 года царь, несомненно, обдумывал план переворота, который должен был привести к сосредоточению в его руках всей полноты власти в государстве. К сожалению, мы почти ничего не знаем о том, как вырабатывался такой план и кто вместе с царем участвовал в его создании. Официальная летопись не освещала эту сторону событий, а иностранцы, оставившие свои свидетельства об опричнине, ничего об этом не знали. Лишь в «Пискаревском летописце» указывается, что царь устроил опричнину «по злых людей совету Василия Михайлова Юрьева да Олексея Басманова и иных таких же».
Свидетельство это, очевидно, основано на какой-то достоверной традиции. Действительно, Василий Михайлович Юрьев и Алексей Данилович Басманов в 1563 — 1564 годах принадлежали к числу ближайших советников царя. В конце 1563 года именно они вели очень важные переговоры с литовскими послами, выступая в той роли, в которой ранее выступал Алексей Адашев.
Василий Михайлович Юрьев, двоюродный брат царицы Анастасии, уже неоднократно упоминался на страницах этой книги как один из членов боярского клана Захарьиных, возвысившегося после первого брака Ивана IV. Уже в первой половине 50-х годов он зарекомендовал себя как администратор (дворецкий Тверского дворца), дипломат и воевода. Удаленный отдел во второй половине 50-х годов XVI века, он вернулся в близкое окружение царя после ухода Сильвестра и Адашева. По записи 1561 года, в случае смерти царя он должен был входить в состав регентского совета при малолетнем наследнике.