Убийство Ивана Петровича так запомнилось современникам-иностранцам не только потому, что это было публичное убийство одного из первых лиц в государстве, совершенное самим царем. На них произвело сильное впечатление и то, что произошло после его смерти. Иван Петрович Федоров был одним из самых богатых людей своего времени. Он являлся потомком боярина Акинфа Великого, служившего владимирским великим князьям еще в начале XIV века, и последним представителем старшей ветви рода, возводившей свое происхождение к Ивану Андреевичу Хромому, боярину Дмитрия Донского (к младшим ветвям того же рода принадлежали служившие в опричнине Бутурлины и Чеботовы). Унаследованное им родовое достояние, и без того немалое, увеличилось благодаря удачному браку Федорова с Марией Васильевной Челядниной, племянницей Аграфены, мамки царя Ивана. Супруга принесла ему в приданое значительную часть родового достояния другой ветви того же рода — Челядниных. Владения боярина, как и владения других бояр, служивших московским князьям, были расположены в самых разных уездах Русского государства от Коломны до Белоозера.
Как рассказывает Шлихтинг, после убийства Ивана Петровича царь, «сев на коня, почти год объезжал с толпой убийц его поместья, деревни и крепости, производя всюду истребление, опустошение и убийства». Часть захваченных при этом боярских слуг царь приказал «запереть в клетку или маленький домик и, насыпав туда серы и пороху, зажечь». Их жены были отданы на развлечение опричникам. Находившийся на боярских дворах крупный и мелкий скот уничтожался. Сами эти дворы сжигались вместе с находившимися на них запасами хлеба. Штаден, писавший о том же более кратко, отметил, что были сожжены даже церкви «со всем, что в них было, иконами, церковными украшениями».
Сообщения Штадена и Шлихтинга о посылке карательных отрядов во владения Ивана Петровича находят подтверждения в тексте «Синодика опальных». Так, из него мы узнаем, что в коломенских селах Федорова опричный ловчий царя Григорий Ловчиков «отделал Ивановых людей 20 человек». В другом его владении — Губине Углу — «Малюта Скуратов отделал 30 и 9 человек». Очевидно, с участия в этих казнях и началось возвышение Малюты, который еще во время похода в Ливонию осенью 1567 года занимал совсем незначительное место в опричном окружении царя. О самых зловещих подробностях рассказа Шлихтинга заставляет вспомнить и такая запись: «В Бежицком Верху отделано Ивановых людей 65 человек да двенадцать человек скончавшихся ручным усеченьем». Если лишь небольшая часть находившихся в бежецких селах боярских слуг была зарублена опричниками, то как же погибли остальные? Поневоле приходится вспомнить о людях, запертых в доме и сожженных затем по приказу царя.
Такие карательные экспедиции, сопровождавшиеся массовыми убийствами (судя по записям «Синодика», в вотчинах Федорова было убито более двух сотен боярских слуг) и уничтожением имущества, стали качественно новым явлением в жизни русского общества в годы опричнины. Они свидетельствовали о том, что в борьбе с «изменой» царь приходил к необходимости применения все более жестоких мер, чтобы устрашить своих подданных и заставить отказаться от враждебных замыслов против него.
На этом мрачном и зловещем фоне протекал спор между царем и противостоявшим ему главой русской церкви, митрополитом Филиппом.
Когда казни стали все более частыми и жестокими, против них поднял свой голос митрополит Филипп. Сам факт столкновения между царем и митрополитом не может вызывать никаких сомнений. Он засвидетельствован источниками самого разного происхождения. Однако и в этом случае нам известно гораздо меньше, чем хотелось бы знать. Главным источником, содержащим наиболее подробные сведения о событиях, является Житие митрополита Филиппа, созданное в кругу почитавших своего бывшего настоятеля соловецких монахов, однако даже наиболее ранняя редакция этого памятника возникла много лет спустя после интересующих нас событий, в конце XVI века, когда после смерти Грозного новый царь Федор разрешил перенести останки митрополита в Соловецкий монастырь. Монахи, которых не было в Москве, когда происходили столкновения митрополита и царя, писали по устным рассказам очевидцев, не очень ясно представляя себе хронологию событий. По слухам писал о столкновении царя и митрополита в далекой Литве и Курбский. Подробный и очень интересный рассказ сохранился в «Послании» Таубе и Крузе, находившихся в то время в окружении царя, однако следует учитывать, что эти ливонские дворяне, возвышенные царем и принятые в опричнину как иноверцы не могли присутствовать на православном богослужении или на собраниях с участием православного духовенства и поэтому не могут считаться очевидцами некоторых очень важных эпизодов.