Иван Грозный

Гнев царя упал на приближенных митрополита. По сообщению Таубе и Крузе, «советники и приближенные митрополита были силой выведены, а затем их, водя по всем улицам, мучили и хлестали железными хлыстами». Имена погибших старцев и слуг митрополита перечисляются в «Синодике опальных»: «старца Левонтия Русинов, Никиту Опухтин, Федора Рясин, Семена Мануйлов». По сообщению новгородского летописца, после происшедшего столкновения митрополит «вышел из митрополича двора и жил в монастыре у Николы у Старого» в Китай-городе. Однако при этом митрополичьего сана он с себя не сложил. Тем самым митрополит открыто выражал протест против политики царя, показывая, что не в состоянии выполнять свои обязанности по управлению церковью под властью такого правителя.

Иногда в научной литературе спор царя и митрополита характеризуется как спор между государством и церковью из-за власти, вызванный попытками светской власти подчинить себе церковь. Ничто, однако, не подтверждает такого толкования. К тому времени, когда вспыхнул этот конфликт, царь не предпринял никаких действий, которые хоть как-то затрагивали права церкви или ее имущество. Напротив, ряд почитаемых обителей именно в годы опричнины получил такие щедрые жалованные грамоты, которых они не имели в годы реформ 50-х годов XVI века. В выступлении митрополита о правах церкви и не говорилось. Дело было в другом. Обличая царя, митрополит не только следовал своим христианским убеждениям, но и выполнял важную функцию гаранта традиционного общественного порядка, которая в представлениях русского общества была тесно связана с особой верховного пастыря. Можно было бы говорить и о попытке осуществления митрополитом его традиционного права «печаловаться» за опальных, но с существенной оговоркой: традиционно глава церкви ходатайствовал о прощении провинившимся их проступков, а митрополит Филипп добивался справедливости для невиновных.

Отец царя, великий князь Василий, а затем боярские правители времени его малолетства неоднократно сгоняли с кафедры неугодных митрополитов, но для царя, постоянно и старательно подчеркивавшего свою верность православному учению не только в главном, но и в каждой детали, такой путь был неприемлем. Выход нашелся: в Соловецкий монастырь направилась особая комиссия, чтобы добыть свидетельства о недостойной жизни Филиппа Колычева и тем самым получить формальные основания для лишения его митрополичьего сана. В летописце Соловецкого монастыря под 1568 годом отмечено: «На весну в монастырь в Соловки приехал суздальский владыка Павнутей да архимандрит Феодосии да князь Василей Темкин да с ним 10 сынов боярских дворян про Филиппа обыскивати». Состав комиссии гарантировал достижение желательного для царя результата. Суздальский владыка Пафнутий назван в Житии в числе епископов, которые с самого начала отказались поддерживать Филиппа. Архимандриту Андроникова монастыря Феодосию Вятке предстояла блестящая карьера — он стал архимандритом Троице-Сергиева монастыря и духовником царя. Пафнутий и Феодосии Вятка сопровождали царя в походе на Ливонию осенью 1567 года. Член ростовского княжеского рода князь Василий Темкин, недавно выкупленный из литовского плена и принятый в опричнину, должен был особенно стараться, выполняя царское поручение. В итоге проведенного расследования «игумена Паисия к Москве взяли да десять старцов». Очевидно, их принудили дать нужные показания, и старцы должны были повторить их на соборе, созванном для низложения митрополита. Несомненно, в связи с организацией такого собора 31 августа того же года выехал из Новгорода и провел полтора месяца в столице новгородский архиепископ Пимен.