Характерная для этих лет нестабильность нашла свое выражение и в быстрых переменах в семейной жизни царя. Вступив в апреле 1572 года в брак с Анной Колтовской, Иван IV, не прожив с ней и двух лет, отправил ее в монастырь и в начале 1575 года взял себе другую жену — Анну Васильчикову, происходившую из семьи каширских детей боярских. Все эти перемены отражались на судьбах новых царских родственников. За внезапным возвышением по милости царя и получением высоких чинов следовали столь же внезапные опалы и казни. Примером может служить судьба таких царских родственников, как Собакины, принадлежавшие к младшей отрасли тверского боярского рода. Когда царь в октябре 1571 года отпраздновал свой брак с Марфой, отец жены, Василий Степанович Собакин, был пожалован боярским саном, дядя, Василий Меньшой, стал окольничим, двоюродный брат царицы, Каллист, — царским кравчим, другой сын Василия Меньшого, Семен, — царским стольником. Однако не прошло и двух лет, как Каллист и Семен Собакины были обвинены в том, что «хотели чародейством извести» царя и его детей, и были казнены вместе со своим отцом. Позднее сходная судьба постигла и родственников царицы Анны Колтовской.
Осложнились отношения царя и с ближайшими к нему духовными лицами. Круг этих лиц для последних лет опричнины вырисовывается достаточно определенно. Среди них первое место занимал Феодосии Вятка, бывший архимандрит Андроникова монастыря, оказавший важные услуги царю в деле митрополита Филиппа и ставший после этого настоятелем первой русской обители — Троице-Сергиева монастыря. Вместе с царем Феодосии Вятка находился в Новгороде тревожным летом 1572 года.
Исследователи давно указывали на особо тесные связи, существовавшие между такой важной подмосковной обителью, как Симонов монастырь, и опричным режимом. В 1569 году монастырь был взят в опричнину «со всею вотчиною». «Человеком» царя был и настоятель обители Иов. Именно по желанию царя молодого монаха сначала поставили архимандритом Успенского монастыря в Старице, а затем перевели оттуда в Симонов монастырь. Настоятеля ждала в будущем блестящая церковная карьера — в 1589 году он стал первым русским патриархом, но начало карьеры было положено в последние годы опричнины. Иов сопровождал царя в его поездках в Новгород в декабре 1571 ив мае 1572 года. Старые связи царя с братией Чудова монастыря сохранялись и после смерти пользовавшегося симпатией Ивана IV архимандрита Левкия. Именно его преемника, архимандрита Леонида, царь возвел на одну из важнейших кафедр московской митрополии, сделав архиепископом Новгородским после низложения Пимена. Новый настоятель обители Евфимий также оказался в окружении царя.
Круг этих людей и в последующие годы оставался прежним, но отношение к ним царя изменилось. В Симоновом монастыре по-прежнему оставался настоятелем Иов, но в послании в Кирилло-Белозерский монастырь, написанном в начале 1573 года, царь говорил как о чем-то общеизвестном, что на «Симонове кроме сокровенных раб Божиих точию одеянием иноцы, а мирская все совершаются». Еще более резко и пренебрежительно отзывался царь о самой почитаемой русской обители: «У Троицы в Сергиеве благочестие иссякло и монастырь оскудел: ни пострижется нихто и не даст нихто ничего».
Осложнились отношения царя и с той обителью, где в годы опричнины он мечтал найти себе отдых и забвение, — с Кирилло-Белозерским монастырем. О событиях в монастыре, которые нанесли удар по этим надеждам царя, мы узнаем из его послания, отправленного им кирилловской братии в сентябре 1573 года. Непорядки в монастыре, по словам царя, начались 7 июня 1571 года, когда здесь постригся под именем Ионы боярин Иван Васильевич Шереметев Большой. Иван Васильевич давно не пользовался расположением царя, еще до установления опричнины ему пришлось побывать в тюрьме, и, возможно, постригаясь в далекой северной обители, он хотел избежать царской опалы и иных еще более серьезных неприятностей. Как бы то ни было, в дальнейшем старец Иона не проявил желания подчиняться суровым тяготам иноческой жизни. За монастырем поставили двор, куда боярину привозили запасы из его вотчин, построена была и «поварня», чтобы готовить ему пищу. По сведениям, которые поступали к царю от разных информаторов, образ жизни не желавшего ни в чем отказывать себе боярина стал оказывать разлагающее воздействие на монастырскую братию: в келью к Шереметеву приходят монахи и «едят да пиют, что в миру, а Шереметев нивести с свадьбы, нивести с родин розсылает по келиям пастилы, ковришки и иныя пряныя составныя овощи», «а инии глаголют будто, де, вино горячее потихоньку в келию к Шереметеву приносили». Власти монастыря, судя по всему, смотрели на поведение боярина и монахов сквозь пальцы, и, возможно, царь так и не узнал бы о том, что происходит в обители, если бы не ссора между Шереметевым и другим высокопоставленным монахом — тестем царя Василием Степановичем Собакиным, принявшим иночество с именем Варлаама.