Отношения с Крымом и после битвы при Молодях оставались враждебными. Хан демонстративно выслал из Крыма русского посла Афанасия Нагого, «и дела с ним ко царю и великому князю никоторого не приказал». Все это заставляло по-прежнему держать на Оке крупные военные силы. Большой проблемой для русских политиков стало и восстание в Поволжье, которое отнюдь не прекратилось после битвы при Молодях. Зимой 1572/73 года одновременно со своим походом на Пайде царь отпустил бояр и воевод в Казань — на «изменников на казанскую Горную и Луговую черемису». Против «изменников» была послана большая армия из пяти полков во главе с князем Никитой Романовичем Одоевским. Но этот поход не привел к прекращению восстания. О серьезности сложившейся ситуации говорит принятое в Москве в сентябре 1573 года решение вступить в переговоры с «казанскими людьми». Пока в Муроме осенью 1573 года собиралась новая рать из пяти полков, сюда прибыл для переговоров с послами казанских людей ряд первых лиц государства — князь Иван Федорович Мстиславский, царский шурин Никита Романович, дьяк Андрей Щелкалов. После переговоров, которые были довольно продолжительными и напряженными, в начале следующего 1574 года соглашение было достигнуто, а его условия были закреплены в жалованных грамотах, выдававшихся разным волостям Казанской земли. В них говорилось от имени царя, «что били нам челом всею Казанскою землею за свои вины» и он, «выслушав казанских людей всее Казанской земли челобитье, вины их покрыл своею милостью». В грамотах четко определялись обязанности «казанских людей» по отношению к государству, а наместникам строго предписывалось «обид и насильства... никому ни в чем не чинить и управа чинить в суде безволокитно». Если наместники не станут поступать, как им предписано царем, то царь разрешал «бить челом к нам и мимо бояр и воевод. И яз, царь и великий князь, выслушав их челобитье... от бояр и от воевод оборону велю учинити». В грамотах отчетливо проявилось желание царя закрепить за собой выгодную роль верховного арбитра в спорах между воеводами и населением.
Приведенные тексты не оставляют сомнений, что главной причиной восстания Луговой и Горной черемисы были насилия и злоупотребления властей, управлявших краем. Ценой обещаний и уступок мир в Поволжье был восстановлен, и это позволило Ивану IV возобновить активные военные действия в Ливонии.
Впрочем, и во время вынужденного бездействия царь продолжал обдумывать свои планы относительно Ливонии. В них в то время значительное место продолжал занимать ливонский король Магнус. 12 апреля 1573 года был, наконец, заключен его брак с тринадцатилетней дочерью Владимира Андреевича Старицкого Марией (прежняя невеста Магнуса Евфимия к тому времени умерла). Тем самым датский принц породнился с царским домом. Почетное место на свадьбе принадлежало брату невесты князю Василию, которому дядя пожаловал удел его отца — город Дмитров. Подробное описание свадебного обряда, сохранившееся в «Разрядных книгах», показывает, что царь не требовал от зятя перехода в православие, и в церемонии бракосочетания участвовали одновременно лютеранский пастор и православный священник («обручать и переменять перс[т]ни на месте у короля попу римскому, а княжну обручать попу русскому по греческому закону»). Этот факт, как и некоторые другие, свидетельствует о том, что царь, бывший в теории яростным и непримиримым врагом протестантов, на практике умел находить с ними взаимопонимание и отступать от своей принципиальности в соблюдении религиозных правил, когда находил это выгодным для себя.
Активные военные действия русских войск в Ливонии начались весной 1574 года и были направлены против Таллина — главного центра шведских владений в Ливонии. В результате шведская администрация в значительной мере утратила над ними контроль. По сообщению таллинского хрониста Балтазара Рюссова, даже «на две мили пути от города» крестьяне просили охранных грамот от русского наместника Пайде и должны были «платить этим русским такие же подати, какие платили своим немецким господам». В следующем 1575 году, когда приняли широкий размах нападения запорожских казаков на Крым и татарские набеги на русские земли прекратились, русские войска перешли к планомерной осаде ливонских замков. 9 апреля русским войскам во главе с Никитой Романовичем сдался Пярну, крупный город и порт на побережье Балтийского моря. Условия капитуляции были очень мягкими: все горожане, которые не желали жить под русской властью, получили возможность удалиться, взяв с собой все свое имущество. Очевидно, в то время планы привлечения населения Ливонии на свою сторону продолжали занимать заметное место в политике царя. И действительно, по свидетельству Рюссова, многие ливонские дворяне «отправились к великому князю в Москву и снова служили ему советом и делом».