Прошло довольно много времени после смерти царя, и в литературных памятниках, возникших уже в эпоху Смуты, появились утверждения, что жизнь царя «угасиша» его «ближние люди» Богдан Бельский и Борис Годунов. Любопытно, что некоторые из писавших об этом видели в убийстве царя высокий патриотический поступок. Так, в одном из псковских летописцев XVII века читаем, что царь «на русских людей... возложи свирепство», а затем и вовсе собрался «бежати в Аглинскую землю и тамо женитися, а свои было бояре оставшии побити». Но «не даша ему тако сотворити, но самого смерти предаша, да не до конца будет Руское царство разорено и вера християнская».
Новое важное свидетельство о насильственной смерти царя как будто было обнаружено при более внимательном изучении рассказа Горсея. Говоря о смерти царя, англичанин употребил выражение: «he was straingled». Переводчик XIX века перевел это как «испустил дух». Современная исследовательница сочинений Горсея A.A. Севастьянова предложила иной, более соответствующий грамматическим нормам английского языка перевод: «был задушен». Однако общий контекст рассказа Горсея заставляет сомневаться в правильности такого понимания текста. Ясно, что царю стало плохо в присутствии большого количества людей, которые пытались как-то ему помочь. В таких условиях попытка умертвить царя представляла бы смертельную опасность для каждого, кто вознамерился бы это сделать. В условиях вражды и соперничества, столь характерных для придворной атмосферы, это не могло остаться незамеченным и тогда ничто не спасло бы убийцу от заслуженной кары.
Характерно, что авторы сохранившихся рассказов о смерти царя не обвиняют его убийц в чем-либо подобном, а говорят лишь о том, что Иван Грозный был отравлен: «неции же глаголют, яко даша ему отраву ближние люди». В этой связи, как уже отмечалось, называют два имени: Богдан Бельский и Борис Годунов. О Богдане Бельском, фаворите царя в последние десять лет его царствования, в этой книге говорилось уже не раз. О Борисе же Годунове пока говорить не приходилось. Выходец из младшей ветви старомосковского боярского рода, родовые владения которой находились на Костроме, благодаря помощи дяди, царского постельничего Дмитрия Ивановича Годунова, в 1567 году мог начать свою службу в опричнине как «стряпчий з государем». Ряд лет он служил оруженосцем в свите царевича Ивана. Его положение упрочилось, когда он женился на Марии, дочери Малюты Скуратова. На свадьбе царя и Марфы Собакиной тесть и зять были «дружками» царской невесты, а их жены — ее «свахами». После отмены опричнины Борис сумел сохранить расположение царя. В январе 1575 года он был «дружкой» Ивана IV на свадьбе царя с Анной Васильчиковой и мылся с царем в «мыльне». В том же году его сестра Ирина стала женой младшего сына царя Федора, и Годунов стал родственником царской семьи. В царском особом дворе он стал «кравчим», заняв то место, которое в годы опричнины принадлежало царскому фавориту Федору Басманову. В 1578 году Борис получил боярский сан. Это была очень успешная карьера, но карьера придворного, сопровождавшего царя на придворных церемониях и иногда в больших походах. Годунов не получал назначений ни воеводой одного из полков, ни наместником в крупный город, не участвовал он и в переговорах с иностранными послами. Антонио Поссевино приводит в своих сочинениях список 12 ближайших советников царя, имени Годунова среди них нет. Таким образом, благоволя молодому человеку и обеспечив ему видное место в своем окружении, царь практически не допускал его к участию в управлении государством. Разумеется, в случае смены монарха у Бориса Годунова были все основания для того, чтобы стать одним из главных советников нового царя, близким родственником которого он был.
Кроме того, ссылаясь на текст Горсея, исследователи отмечают еще один важный мотив для убийства: опасения, что царь может передать престол не Федору, а своему сыну от брака с английской принцессой. «Князья и бояре, — читаем у Горсея, — особенно ближайшее окружение жены царевича — семья Годуновых были сильно обижены и оскорблены этим, изыскивали секретные средства и устраивали заговоры с целью уничтожить все эти намерения и опровергнуть все подписанные соглашения». Однако утверждения Горсея не подтверждаются ни русской записью переговоров, ни текстом отчета Джерома Боуса. Напротив, когда заходил вопрос о наследовании престола, с русской стороны неизменно указывалось, что законным наследником царя является его сын Федор, а дети английской принцессы могут рассчитывать лишь на получение «уделов». Тем более не было заключено каких-либо «подписанных соглашений».