Московские летописцы по понятным причинам не углублялись в неприятную историю с отставкой архиепископа Сергия. «Новгородские же и псковские летописцы рассказывают, будто бы Сергий стал притеснять игуменов и священников, ввел новые пошлины, будто бы, заехав на дороге в Сковородский Михайловский монастырь, от гордости, потому что приехал из Москвы к гражданам плененным, не захотел вскрыть гроб похороненного тут новгородского владыки Моисея и будто бы с этих пор нашло на него изумление: иногда видали, как он сидел на Евфимьевской паперти в одной ряске без мантии, а иногда видали его в полдень сидящим в том же виде у святой Софии. По другому рассказу, новгородские владыки начали являться Сергию то во сне, то наяву с укором, как он смел принять святительское поставление при жизни своего предшественника, не уличенного в ереси, но изгнанного неправдою; когда же он презрел этими укорами, то невидимая сила поразила его и на некоторое время лишила употребления языка» (146, С.ЗЗ).
Разоряя новгородцев, князь Иван не желал разорить Новгород. В его голове уже зрели планы широкого наступления в Прибалтике, которое должно было расчистить пути для приморской и заморской торговли русских купцов. Точкой опоры в этих замыслах, отчасти предвосхищавших мечты Петра Великого, должен был стать все тот же Новгород. Прежде всего следовало укрепить его военный потенциал. Этим великий князь занялся уже летом 1484 года. «Того же лета повелением великого князя Ивана Васильевича начаша здати (созидать. —
В воскресенье 12 декабря 1484 года на новгородскую кафедру в Москве был поставлен новый владыка — архимандрит Чудова монастыря в московском Кремле Геннадий Гонзов. Это был опытный в дворцовых интригах, честолюбивый и властный иерарх. Подобно многим выдающимся деятелям того времени, он был жесток и не чужд корыстолюбия. Убежденный сторонник московского дела, новый владыка оказался и яростным защитником православия. С его приходом острая социально-политическая борьба в Новгороде приобрела и религиозный аспект: новый владыка начал непримиримую борьбу против еретиков, которые давно уже развернули здесь свою пропаганду. Геннадий занимал новгородскую кафедру до своей вынужденной отставки в июне 1504 года.
Следующий удар по Новгороду был нанесен в 6995 году (1 сентября 1486 — 31 августа 1487 года). «Того же лета князь великий перевел из Великаго Новагорода в Володимерь лучших гостей (купцов. —
Зимой 1487/88 года действия архиепископа Геннадия против еретиков совпали с новыми гонениями на недовольных московской администрацией в Новгороде. Еретиков схватили и увезли под стражей в Москву, где били кнутом на Торговой площади, а потом отправили обратно в Новгород. Тяжелее пришлось остальным пострадавшим. «Тое же зимы посла князь великий, и привели из Новагорода боле седми тысящ житих людей на Москву, занеже хотели убити Якова Захарича, наместника новгородцкого; и иных думцев (соучастников. —