Будущий строитель собора взошел на кафедру в ноябре 1464 года. До этого он не менее десяти лет был суздальским владыкой. О его происхождении и взглядах на мир ничего не известно. Однако сообщается, что Филиппа рекомендовал на кафедру его предшественник Феодосии Бывальцев (73, 532). Эта протекция кое-что проясняет. Идеалист и ревнитель благочестия, Феодосии, разумеется, мог ходатайствовать лишь за человека близких с ним взглядов. Обжегшись с Феодосием, который своей бескомпромиссной принципиальностью восстановил против себя и духовенство, и мирян, великий князь, однако, не стал возражать против его выдвиженца. Ему нужен был на кафедре стойкий защитник православия, способный энергично противостоять проискам литовского митрополита-униата Григория. Похоже, что Иван тогда еще не понял до конца печальной истины: как правитель он был более заинтересован в архипастыре нерадивом, но покладистом, нежели в ревностном, но своенравном.
Впрочем, в тех вопросах, где интересы митрополичьей кафедры совпадали с интересами великого князя, Филипп был верным союзником Ивана III. Прежде всего это касалось московско-новгородских отношений. Здесь многое зависело от позиции новгородского владыки. Филипп старался поддерживать дружбу с архиепископом Ионой. В апреле 1467 года по его просьбе он отправил в Новгород грозное послание против тех мирян, которые осмеливались посягать на церковные земли. В середине 60-х годов XV века Филипп встал на сторону Ионы в его споре с псковичами. Позднее митрополит яростно обличал новгородцев за интерес к литовскому «латинству», сокровенной причиной которого было усиление политического давления на Новгород со стороны великого князя Московского.
Всецело поддержал Филипп и другое направление деятельности Ивана III — наступление на Казанское ханство. Сохранилось его послание к великому князю, написанное в начале первой большой войны Ивана с Казанью — осенью 1467 года. В нем он сулит мученический венец всем, кто прольет свою кровь «за святыя Божиа церкви и за православное хрестияньство» (44, 180). Тогда же Филипп отправил послание к тверскому епископу Геннадию, призывая владыку убедить князя Михаила Тверского прислать войска для участия в войне с Казанью. Вновь святитель говорит об особом значении этой войны и о том, что все погибшие на ней «яко прежний великомученицы Христови будут и венец мучения восприимуть от Христа» (44, 184). Оба эти послания дышат искренним воодушевлением. Пламень духовного подвига ярко разгорелся в душе святителя Филиппа. Люди такого склада имеют сильное влияние на окружающих. Но они очень не любят компромиссов и сделок со своей совестью. Поэтому им всегда бывает трудно находить общий язык с правителями.
Борьба с литовским митрополитом-униатом Григорием отчеканила характер митрополита. Настроив себя и свое окружение на непримиримую борьбу со всем, что хотя бы отдаленно напоминало о «латинстве», Филипп уже не мог остановиться. Двоедушие оказалось ему не под силу. И когда в конце 60-х годов овдовевший великий князь задумал вдруг жениться на жившей в Риме и слывшей католичкой греческой принцессе Софье Палеолог, Филипп бросил на весы весь свой авторитет, чтобы предотвратить этот преступный, с его точки зрения, брачный союз. Но здесь необходим небольшой исторический экскурс…
Внезапная кончина первой жены Ивана III, княгини Марии Борисовны, 22 апреля 1467 года заставила 27-летнего великого князя Московского задуматься о новой женитьбе. Одни историки полагают, что замысел «римско-византийского» брачного союза родился в Риме, другие отдают предпочтение Москве, третьи — Вильно или Кракову (161, 178). Деятельными исполнителями проекта (а может быть, и его изобретателями) выступили жившие в Москве (или часто бывавшие здесь по делам) итальянцы — братья Джан Баггисте делла Вольпе («Иван Фрязин, московский денежник» русских летописей) и Карло делла Вольпе. В переговоры были вовлечены и племянники братьев Вольпе — Антонио и Николо Джислярди (161, 180).
Источникам известен первый плод матримониального замысла: в субботу 11 февраля 1469 года, когда Москва пропивала последние деньки разгульной православной Масленицы, в город въехал посол из далекого Рима — грек Юрий Траханиот. С ним прибыли и два итальянца, родственники Ивана Фрязина — Карло делла Вольпе и Антонио Джислярди. Так в темную компанию итальянских бродяг и авантюристов вливаются свежие силы — утративший родину, но сохранивший вкус к жизни хитроумный византиец.