Откровенность с великим князем не прошла даром для этого бедняги. На другой день кузнец сделал новое признание: ночью ему явился сам святитель Филипп с веригами в руках и избил его ими за нарушение клятвы. В доказательство правдивости своих слов кузнец показывал многочисленные раны на своем теле. Пострадавший от гнева Филиппа кузнец с месяц не мог встать с постели, но после усердной молитвы святителю был им прощен и исцелен.
Оживление вокруг гробницы Филиппа долго не затихало. Кажется, этот человек произвел сильное впечатление на современников. К тому же смелость Филиппа в отстаивании своих убеждений перед великим князем вызывала сочувствие у его приемника митрополита Геронтия, также нашедшего в себе мужество сопротивляться произволу. Причислив Филиппа к святым, митрополит мог тем самым получить еще одну точку опоры в своих спорах с Иваном III.
Именно по этой причине спор вокруг гробницы митрополита Филиппа вспыхивает с новой силой в 1479 году, когда Успенский собор был уже, наконец, построен. Вечером 27 августа, когда мощи всех митрополитов (кроме перенесенных 24 августа мощей святителя Петра) переносили из церкви Иоанна Лествичника (где они находились в период строительства нового собора Аристотелем Фиораванти) обратно в Успенский собор, гробница Филиппа была вскрыта. Увиденное поразило собравшихся. Тело святителя почти не подверглось тлению — подобное бывает только с телами святых. «И окрыша гроб, видеша его лежаща всего цела в теле,
Инициатором вскрытия гробницы Филиппа, несомненно, был митрополит Геронтий. После перенесения каменного саркофага Филиппа в Успенский собор он распорядился оставить его открытым, дабы все могли убедиться в нетленности мощей святителя, а значит, и в святости Филиппа.
На другой день, 28 августа 1479 года, в Успенском соборе состоялось торжественное богослужение, после которого Иван III пригласил все духовенство, участвовавшее в торжествах, на пир к себе во дворец. Великий князь вместе с сыном и соправителем Иваном Молодым стоя приветствовал собравшихся и оказывал им всяческие знаки уважения (19, 203). Однако за внешним благочестием скрывалось недовольство Ивана действиями митрополита. После пира он обратился к Геронтию с вежливыми, но исполненными скрытого раздражения словами: «Помысли, отче, с епископы и с прочими священники, чтобы Филиппа митрополита покрыта надгробницею, или как будет пригоже учинити» (19, 203). Закрыть открытые нетленные мощи Филиппа значило бы приравнять его к митрополитам Феогносту, Киприану и Фотию, чьи саркофаги сразу после перенесения в Успенский собор были немедленно закрыты каменными «надгробницами». Иначе говоря, это означало бы отказ от намерения митрополита Геронтия причислить Филиппа к лику святых.
В течение двенадцати дней (до самого праздника Рождества Богородицы) митрополит уклонялся от исполнения великокняжеской воли. Гробница Филиппа стояла открытой, и нетленность мощей была явлена всем. Там же висели и его знаменитые железные вериги. Для окончательного подтверждения святости Филиппа недоставало лишь чудесных исцелений возле его гроба. Как, вероятно, ждал их тогда митрополит Геронтий, как молил Бога о ниспослании этой милости! Но все было напрасно. Промыслом Всевышнего (а может быть, и кознями соборного причта, издавна не любившего святителя Филиппа) никаких чудес у гроба не произошло. На 13-й день под давлением великокняжеского двора Геронтий вынужден был согласиться на закрытие гробницы Филиппа, а вместе с нею — и вопроса о его канонизации.
Некоторые историки почему-то считают Ивана III почитателем святости Филиппа и удивляются тому, что князь не довел дело до причисления его к святым (101, 362). Однако источники свидетельствуют о том, что великий князь не хотел поклоняться Филиппу как новоявленному святому. Чудеса продолжались лишь возле гробницы митрополита Ионы.